PANTHER数据库如何做GO分析
时间: 2024-05-17 08:01:19 浏览: 180
要在PANTHER数据库中进行GO分析,需要遵循以下步骤:
1. 访问PANTHER数据库网站并创建一个帐户。
2. 在PANTHER网站的主页上,选择“功能分类(GO)”选项卡,然后选择“GO分析”子选项卡。
3. 输入基因列表或上传一个文件,然后选择分析类型。
4. 选择一个参考基因组和统计显著性阈值。
5. 点击“运行分析”按钮,等待分析结果。
6. 查看分析结果报告,这将包括已分配GO注释的基因列表、GO富集分析图和表格等。
需要注意的是,PANTHER数据库的GO分析仅限于已知的物种。如果您的物种不在数据库中,您需要先进行物种注释,然后才能进行GO分析。
相关问题
如何用PANTHER做GO分析
PANTHER(Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships)是一种基于进化关系进行蛋白质分类和分析的工具,可以用于GO(Gene Ontology)分析。以下是使用PANTHER进行GO分析的步骤:
1. 访问PANTHER网站(http://www.pantherdb.org/)并注册一个账户。
2. 在“Analysis”选项卡下选择“GO Analysis”。
3. 输入您的基因或蛋白质列表,可以使用UniProt ID、RefSeq ID或者FASTA格式的序列。
4. 选择您的物种并选择PANTHER数据库版本。
5. 点击“Run Analysis”按钮进行分析。
6. 分析完成后,您将获得一个包含GO注释和统计结果的报告。
7. 您可以使用这些结果进行下游分析,例如Functional Enrichment分析或者Pathway Analysis等。
请注意,PANTHER的GO分析结果仅供参考,需要结合其他实验数据和文献信息进行综合分析。
做GO富集分析的GOC网站的网址
以下是一些常用的GO富集分析网站:
1. DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery): https://david.ncifcrf.gov/
2. Enrichr: http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/
3. GOrilla: http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/
4. ToppGene Suite: https://toppgene.cchmc.org/enrichment.jsp
5. g:Profiler: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost
6. PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships): http://www.pantherdb.org/
7. WebGestalt: http://www.webgestalt.org/option.php
希望能对您有所帮助!