基于R语言计算三个cox模型的似然比的代码
时间: 2024-05-25 15:17:21 浏览: 135
假设我们有一个数据集mydata,包含以下变量:age、sex、treatment、time和status,其中status表示是否发生事件(1表示发生事件,0表示未发生事件)。我们想要比较三个Cox模型的拟合效果,分别是:
1. 只包含age和sex作为预测变量的模型;
2. 在模型1的基础上加入treatment作为预测变量的模型;
3. 在模型2的基础上加入age、sex和treatment的交互项作为预测变量的模型。
下面是基于R语言计算三个Cox模型的似然比的代码:
# 载入生存分析包
library(survival)
# 模型1:只包含age和sex作为预测变量的模型
model1 <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex, data = mydata)
# 模型2:在模型1的基础上加入treatment作为预测变量的模型
model2 <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + treatment, data = mydata)
# 模型3:在模型2的基础上加入age、sex和treatment的交互项作为预测变量的模型
model3 <- coxph(Surv(time, status) ~ age * sex * treatment, data = mydata)
# 计算模型1和模型2的似然比
lr1 <- -2 * (logLik(model1) - logLik(model2))
p1 <- pchisq(lr1, df = 1, lower.tail = FALSE)
# 计算模型2和模型3的似然比
lr2 <- -2 * (logLik(model2) - logLik(model3))
p2 <- pchisq(lr2, df = 2, lower.tail = FALSE)
# 输出结果
cat("模型1和模型2的似然比为:", lr1, ",p值为:", p1, "\n")
cat("模型2和模型3的似然比为:", lr2, ",p值为:", p2, "\n")
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