R语言孟德尔随机化环状热图代码

在R语言中，创建孟德尔随机化环状热图通常用于分析遗传关联研究（GWAS）数据，以展示基因之间的遗传关联网络。以下是一个简单的示例，使用`circlize`包中的`circos`函数和`randGC`函数来生成这样的图形：

# 首先需要安装必要的包
install.packages("circlize")
library(circlize)

# 假设你有一个矩阵 `gene_assoc`，其中每个元素表示两个基因之间的遗传关联强度
gene_assoc <- matrix(rnorm(500 * 500), ncol = 500) # 500对基因

# 设置一些参数
ncells <- nrow(gene_assoc)
radius <- sqrt(ncells / pi)
sector.labels <- paste0("Gene", 1:ncells) # 标签显示基因编号

# 创建环形图
circos.initialize(
  ylim = c(-radius, radius),
  sector.width = rep(1, ncells),
  bg.border = "grey80",
  fg.border = NA,
  track.height = 0.1
)

# 孟德尔随机化处理并计算颜色
genetic_effect <- randGC(gene_assoc, nperm = 1000) # 使用默认的1000次模拟

# 绘制环状热图
circos.track(
  circular = TRUE,
  ylim = c(-radius + 1, radius - 1), # 留出一点空间
  vline = TRUE, hline = FALSE, 
  sector.index = 1:length(sector.labels),
  labels.cex = 0.7,
  label.color = "black",
  panel.fun = function(x, y, col) {
    circos.text(x = x[1], y = y[1], labels = sector.labels[x], adj = c(0.5, 0.5))
    circos.rect(x = x[1] - 0.5, y = y[1] - 0.5, width = 1, height = 1, col = col, border = NA)
  },
  main = "",
  sectors.fill = genetic_effect$colors
)

# 清理
circos.clear()