rownames(tcga)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*", "\\1\\-\\2\\-\\3", rownames(tcga)) tcga=avereps(tcga)
时间: 2023-11-24 11:06:29 浏览: 44
根据提供的引用内容,我们可以看出这段代码主要是对基因数据进行处理和绘制热图。其中,第一个引用中的代码是将基因名称中的数字去掉,第二个引用中的代码是绘制热图并加入行列注释。而第三个问题中提供的代码,则是对基因数据进行去重和求平均值的操作。
具体来说,代码rownames(tcga)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*", "\\1\\-\\2\\-\\3", rownames(tcga))的作用是将基因名称中的一些无用信息去掉,只保留样本编号。而代码tcga=avereps(tcga)的作用是对基因数据进行去重和求平均值的操作,即对于同一个基因,在多个样本中出现的数据取平均值,从而得到每个基因在所有样本中的平均表达值。
相关问题
rownames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",rownames(data))
`rownames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",rownames(data))` 这段代码是用来对 `data` 数据集的行名进行处理的。具体来说,它使用正则表达式将行名中的特定部分提取出来,并重新赋值给 `rownames(data)`。
正则表达式 `(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*` 匹配了一个由四个部分组成的字符串,每个部分之间用连字符 `-` 分隔。其中 `(.*?)` 表示非贪婪匹配,即尽可能少地匹配字符。`\\1`, `\\2`, `\\3` 分别表示正则表达式中的第1、2、3个括号匹配到的内容。
通过使用 `gsub()` 函数,将匹配到的部分重新组合成一个新的字符串,并赋值给 `rownames(data)`。
library(limma) expFile="tcga.FRGexp.txt" cliFile="time.txt" rt=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F) rt=as.matrix(rt) rownames(rt)=rt[,1] exp=rt[,2:ncol(rt)] dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp)) data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames) data=avereps(data) data=data[rowMeans(data)>0,] setwd("D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime") data = read.table("tcga.FRGexp.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1) group=sapply(strsplit(colnames(data),"\\-"),"[",4) group=sapply(strsplit(group,""),"[",1) group=gsub("2","1",group) data=data[,group==0] colnames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",colnames(data)) data=t(data) data=avereps(data)
根据您提供的代码,我可以看出您正在进行一些数据处理和分析的操作。以下是我对代码的理解和解释:
1. `library(limma)`: 这是加载"limma"包,该包提供了用于微阵列和RNA-seq数据分析的函数和方法。
2. `expFile="tcga.FRGexp.txt"`:这行代码指定了表达数据文件的路径和文件名。
3. `cliFile="time.txt"`:这行代码指定了时间数据文件的路径和文件名。
4. `rt=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F)`: 这行代码使用`read.table`函数从表达数据文件中读取数据到一个数据框`rt`中。`sep="\t"`表示使用制表符作为分隔符,`header=T`表示第一行是列名,`check.names=F`表示不检查列名的合法性。
5. `rt=as.matrix(rt)`: 这行代码将数据框`rt`转换为矩阵。
6. `rownames(rt)=rt[,1]`: 这行代码将矩阵`rt`的第一列作为行名。
7. `exp=rt[,2:ncol(rt)]`: 这行代码从矩阵`rt`中抽取第2列到最后一列的数据,存储在一个新的矩阵`exp`中。
8. `dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))`: 这行代码为矩阵`exp`设置行名和列名。
9. `data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)`: 这行代码将矩阵`exp`转换为数值矩阵,并设置行名和列名。
10. `data=avereps(data)`: 这行代码调用了自定义的函数`avereps`,根据函数名推测,可能是用来计算数据的平均值。
11. `data=data[rowMeans(data)>0,]`: 这行代码根据行的平均值筛选数据,只保留平均值大于0的行。
12. `setwd("D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime")`: 这行代码将当前工作目录设置为"D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime",即将工作目录切换到指定目录。
13. `data = read.table("tcga.FRGexp.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1)`: 这行代码再次从"tcga.FRGexp.txt"文件中读取数据,并存储在一个新的数据框`data`中。
14. `group=sapply(strsplit(colnames(data),"\\-"),"[",4)`: 这行代码使用`strsplit`函数将列名按照"-"进行分割,然后选择分割后的第四个元素。`sapply`函数将这个操作应用到每个列名上,并返回一个向量。
15. `group=sapply(strsplit(group,""),"[",1)`: 这行代码将`group`向量中每个元素按照空字符串进行分割,然后选择分割后的第一个元素。同样地,`sapply`函数将这个操作应用到每个元素上,并返回一个向量。
16. `group=gsub("2","1",group)`: 这行代码使用`gsub`函数将`group`向量中的所有"2"替换为"1"。
17. `data=data[,group==0]`: 这行代码根据条件筛选数据,只保留`group`向量中值为0的列。
18. `colnames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",colnames(data))`: 这行代码使用正则表达式对列名进行替换。它将匹配到的内容替换为第1、2、3个括号中的内容,并将结果赋值给列名。
19. `data=t(data)`: 这行代码将数据矩阵进行转置,使得行变为列,列变为行。
20. `data=avereps(data)`: 这行代码再次调用自定义的函数`avereps`,可能是用来计算数据的平均值。
请确认以上理解是否正确,并告诉我接下来有什么其他问题或需求。
相关推荐
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![docx](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083331.png)
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)