输入基因型数据CSV,第一行是1750个特征,定义特征,2504个样本分型数据,5个分类,分类标签是group;基于随机深林算法,进行OneVsRestClassifier进行嵌入式特征选择,设置阈值,输出每个类别的候选特征,以及相应的十折交叉验证平均值结果为CSV文件
时间: 2024-04-12 16:29:42 浏览: 140
您可以使用以下代码将基因型数据CSV文件加载到Python中,并使用随机深林算法进行特征选择和分类:
```python
import pandas as pd
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.model_selection import cross_val_score
from sklearn.multiclass import OneVsRestClassifier
# 加载数据
data = pd.read_csv('genotype_data.csv')
# 提取特征和标签
features = data.iloc[:, :1750]
labels = data['group']
# 初始化随机深林分类器
rf = RandomForestClassifier()
# 初始化OneVsRest分类器
one_vs_rest = OneVsRestClassifier(rf)
# 进行特征选择和交叉验证
threshold = 0.5 # 设置阈值
selected_features = []
cv_scores = []
for class_label in range(5): # 5个分类
# 训练模型并进行特征选择
one_vs_rest.fit(features, (labels == class_label))
importance_scores = one_vs_rest.estimators_[class_label].feature_importances_
selected_features_class = features.columns[importance_scores > threshold]
selected_features.extend(selected_features_class)
# 进行十折交叉验证并计算平均得分
cv_score = cross_val_score(one_vs_rest, features[selected_features_class], (labels == class_label), cv=10).mean()
cv_scores.append(cv_score)
# 创建结果DataFrame并保存为CSV文件
result_df = pd.DataFrame({'Class': range(5), 'Selected Features': selected_features, 'CV Score': cv_scores})
result_df.to_csv('feature_selection_results.csv', index=False)
```
请注意,您需要将代码中的`genotype_data.csv`替换为您的实际数据文件名,并根据需要自定义阈值和其他参数。运行代码后,将生成一个名为`feature_selection_results.csv`的CSV文件,其中包含每个类别的候选特征和相应的十折交叉验证平均得分。
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