`PDBIO`类期望什么样的输入才能避免此类错误?
时间: 2024-10-08 15:21:02 浏览: 15
`PDBIO`类期望接收一个具有`level="S"`(代表Structure)的对象作为输入,这意味着输入应该是`Bio.PDB.Structure`类的一个实例,它包含了模型(Models)、链(Chains)以及它们包含的残基(Residues)。如果您的`pdb_object`不是一个完整的结构对象,例如只是一个部分模型或者链,那么在调用`io.set_structure(pdb_object)`时就会触发`AttributeError`。
为了避免这种错误,您应该首先确认`pdb_object`是否已经是一个`Structure`对象,如果不是,则可能需要通过解析PDB文件或字符串、序列等途径构建一个完整结构。如果你有一个字符串形式的PDB数据,可以使用`PDBParser()`来解析它:
```python
from Bio.PDB import PDBParser
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('your_structure_id', 'new_source_strut.pdb')
```
然后将得到的`structure`对象传递给`PDBIO`。
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