在研究基因表达显著性差异时，一般假设基因表达是独立的。但事实上，生物学功能基因组的表达水平往往具有协同调节特点（inherently coregulated in their expression levels），请建立数学模型刻画基因表达的协同调节作用，并对模型的合理性进行评价；

在研究基因表达显著性差异时，常常假设基因表达是独立的，但事实上，生物学功能基因组中的基因往往具有协同调节特点，即它们的表达水平在一定程度上是相关的。为了刻画基因表达的协同调节作用，可以使用联合分析模型，如联合分析模型（Joint Analysis Model）或相关系数模型（Correlation Coefficient Model）。

1. 联合分析模型：该模型假设基因表达水平之间存在潜在的协同调节因子（latent regulatory factors），这些因子对所有基因都有影响。模型通过将基因表达水平表示为潜在因子和基因特异性效应的线性组合来建模。这样可以通过估计潜在因子和基因特异性效应的参数来刻画基因表达的协同调节作用。

2. 相关系数模型：该模型假设基因表达水平之间的相关性可以通过相关系数来描述。模型通过计算基因之间的相关系数来刻画基因表达的协同调节作用。可以使用Pearson相关系数、Spearman相关系数或其他相关系数方法来计算基因之间的相关性。

评价这些模型的合理性可以考虑以下几个方面：

1. 模型拟合度：评估模型对实际数据的拟合程度。可以使用拟合优度（Goodness of Fit）指标，如调整R平方、AIC（Akaike Information Criterion）或BIC（Bayesian Information Criterion）来评估模型的拟合度。

2. 参数估计稳定性：评估模型参数的稳定性，即在不同数据集或不同采样条件下，模型参数的变化情况。可以使用交叉验证或引入随机性来评估参数估计的稳定性。

3. 生物学合理性：评估模型的结果是否与已知的生物学知识一致。可以通过与已有的基因调控网络或生物学机制进行比较来评估模型的生物学合理性。

需要注意的是，建立数学模型刻画基因表达的协同调节作用是一个复杂的问题，需要根据具体研究问题和数据特点选择适当的模型，并进行适当的验证和评估。此外，鉴于生物学系统的复杂性，单一模型往往无法完全刻画基因表达的协同调节作用，因此可以考虑结合多种模型或方法进行综合分析。