你可以帮我详细写一份脚本,在LINUX系统上使用RepeatMasker软件对鸭子微卫星DNA只保留了基序长度在2到6个碱基对之间的重复,并删除这些区域内或20个碱基内的TRF结果,对输出结果进行了过滤
时间: 2024-04-13 17:28:38 浏览: 15
当然可以!以下是一个在Linux系统上使用RepeatMasker软件对鸭子微卫星DNA进行过滤的示例脚本:
```bash
#!/bin/bash
# 设置RepeatMasker软件路径
repeatmasker_path="/path/to/repeatmasker"
# 设置输入文件路径(鸭子微卫星DNA序列文件)
input_file="/path/to/duck_microsatellite.fasta"
# 设置线程数
num_threads=4
# 运行RepeatMasker
${repeatmasker_path}/RepeatMasker -pa ${num_threads} -species "duck" ${input_file}
# 过滤结果
output_file="${input_file}.out"
filtered_file="${input_file}.filtered"
# 保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复
awk '/^>/ {header = $0; getline seq} length(seq) >= 2 && length(seq) <= 6 {print header; print seq}' ${output_file} > ${filtered_file}
# 删除这些区域内或20个碱基内的TRF结果
trf_output="${input_file}.trf"
filtered_output="${input_file}.filtered_output"
trf_threshold=20
# 过滤TRF结果
awk -v threshold=${trf_threshold} '/^>/ {header = $0; getline seq} /^TRF/ {getline; if($3 > threshold) print header; print seq}' ${filtered_file} > ${filtered_output}
# 清理中间文件
rm ${output_file} ${filtered_file}
```
请注意,上述脚本中的路径需要根据你的实际情况进行修改。另外,该脚本使用了awk命令来进行过滤操作。首先,它会读取RepeatMasker的输出文件,找到基序长度在2到6个碱基对之间的重复,并将这些序列保存到一个新的文件中。然后,它会读取这个新文件,并删除其中那些在20个碱基内有TRF结果的序列,并将过滤后的结果保存到最终输出文件中。
希望这个示例脚本能对你有所帮助!如果有进一步的问题,请随时提问。