sampler.run_mcmc的用法
时间: 2024-11-18 20:19:27 浏览: 25
`sampler.run_mcmc()` 是 MCMC (Markov Chain Monte Carlo) 模型中的一个关键方法,通常在 PyMC3 的 EnsembleSampler 类中使用。这个函数负责执行 Metropolis-Hastings 或其他类似算法来抽样目标分布,获取模型参数的估计值。它的基本用法包括以下几个步骤:
1. **初始化**:
- 先创建一个 `EnsembleSampler` 对象,提供所需的参数,如 `nwalkers`, `ndim`, 和 `lnprob0` 函数。
2. **设置起始位置**:
- 初始化一些参数向量(通常是随机的),作为各个 "步行者" 的起点,然后通过 `sampler.setup(nburn=...)` 设置 burn-in(预热)阶段,这是一个无记录的适应期,帮助步行者找到参数空间的全局最优区域。
3. **运行采样**:
```python
samples = sampler.run_mcmc(initial_positions, nsteps, progressbar=True)
```
这里,`initial_positions` 是步行者的起始位置,`nsteps` 是总共要进行的采样步数,`progressbar=True` 则显示采样进度。
4. **结果存储**:
- `samples` 是一个包含所有采样链的数组,你可以使用它来获取后验分布的估计,如平均值、置信区间等。
5. **评估和分析**:
- 根据需要,你可以检查是否满足收敛条件,比如R-hat统计量小于1.1,然后可以分析样本以了解参数的估计及其不确定性。
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