group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group matching_columns <- colnames(ABC_1)[match(group$id, colnames(ABC_1))] library(DESeq2) dds<- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=matching_columns,design=~dex)
时间: 2024-04-14 22:29:05 浏览: 207
根据你提供的代码,你首先使用read_csv函数从文件路径"D:/大一/科研/AB/group.csv"中读取数据,并将结果存储在名为"group"的变量中。然后,你试图使用colnames函数和match函数来找到ABC_1数据框中与group$id匹配的列名。
接下来,你加载了DESeq2库,并尝试使用DESeqDataSetFromMatrix函数创建一个DESeqDataSet对象。
然而,请注意,在DESeqDataSetFromMatrix函数中,`countData`参数应该是一个表示基因计数数据的矩阵或数据框,而`colData`参数应该是一个数据框,其中包含与每个样本相关的注释信息。
根据你的代码,`ABC_1`似乎是你的基因计数数据,而`matching_columns`是你尝试传递给`colData`参数的内容。但是,`matching_columns`是一个包含与group$id匹配的列名的向量,而不是一个数据框。
为了解决这个问题,你应该创建一个包含与每个样本相关的注释信息的数据框,并将其传递给`colData`参数。假设你的注释信息存储在"group"数据框中的不同列中,你可以按照以下方式修改代码:
```R
colData <- group[, c("id", "other_column1", "other_column2")]
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = colData, design = ~ dex)
```
在这里,我假设除了"id"列之外,你还有其他列包含样本的注释信息。你可以根据实际情况修改"other_column1"和"other_column2"来指定你的注释信息所在的列名。
请注意,确保注释信息的顺序与ABC_1数据框中的列顺序相匹配。
如果你还有其他问题,请随时提问。
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