ASE 有fix_bonds吗

是的，ASE (Atomic Simulation Environment) 中有 `fix_bonds` 方法可以修正分子之间的连接方式。以下是使用 ASE 修正分子连接的示例代码：

from ase import io
from ase.calculators.emt import EMT
from ase.optimize import BFGS

# 读取分子文件
m1 = io.read("POSCAR1")
m2 = io.read("POSCAR2")

# 重新确定原子之间的连接方式
m1.set_calculator(EMT())
m2.set_calculator(EMT())
optimizer = BFGS(m1)
optimizer.run(fmax=0.01)
optimizer = BFGS(m2)
optimizer.run(fmax=0.01)

# 检查分子之间的差异性
if not m1.compare(m2):
    # 如果分子之间存在差异性，则修正分子的连接方式
    m1.fix_bonds(m2.get_bonds())

# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.get_rmsd(m2)
print(rmsd)

在这个修改后的代码中，我们使用 `set_calculator` 方法设置计算器，然后使用优化算法（这里使用 BFGS 算法）重新确定原子之间的连接方式。然后使用 `compare` 方法检查两个分子之间的差异性。如果存在差异性，则使用 `fix_bonds` 方法修正分子的连接方式。最后，计算 RMSD 值。注意，这里的 `get_rmsd` 方法是 ASE 中计算 RMSD 值的方法。