Java应用程序中的多个源文件，可以只编译含有主类的源文件。

在Java应用程序中，通常情况下，如果你的程序由多个类组成，那么当你更改任何一个类时，都需要重新编译整个程序。然而，Java提供了一种称为增量编译的技术，它允许你只编译那些在上一次编译后被修改过的源文件。但是，这种方法通常是由开发工具（如IDEs）自动处理的，并不是由程序员直接控制的。

不过，如果你的意思是只编译含有主入口（main方法）的类，那么其他类文件实际上是不需要编译的，因为它们不会直接被用作执行的起点。然而，如果有其他类引用了未编译的类，则必须先对这些类进行编译，才能成功编译引用了它们的主类。

要实现这一点，你可以使用Java编译器javac的命令行选项，如`-cp`或`-classpath`来指定类路径，并且可以使用通配符`*.java`来编译所有的Java文件。如果只想编译主类文件，你可以只指定那一个文件。例如：

javac -cp . MyMainClass.java

这个命令只会编译`MyMainClass.java`文件，而不是所有源文件。但是，请注意，如果`MyMainClass`引用了其他没有编译的类，那么在运行时会抛出`NoClassDefFoundError`错误。