baseZ = np.average((amplitudes[indexP]+amplitudes[indexZ])/2)

时间: 2024-04-22 17:24:52 浏览: 22
这段代码计算了一个名为`baseZ`的变量。它使用了`np.average()`函数来计算`(amplitudes[indexP]+amplitudes[indexZ])/2`的平均值,并将结果赋值给`baseZ`。 具体来说,`(amplitudes[indexP]+amplitudes[indexZ])/2`是将`amplitudes`数组中`indexP`和`indexZ`索引对应的值取平均后得到的新数组。然后,`np.average()`函数对这个新数组进行求平均操作,得到最终的结果赋给`baseZ`。 最终,`baseZ`存储了`amplitudes[indexP]`和`amplitudes[indexZ]`两者平均值的平均值。它可能用于后续的计算或作为参考值使用。
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baseZ = np.average((amplitudes[indexP]+amplitudes[indexZ])/2) print('baseZ = {}'.format(baseZ)) amplitudes = np.array(amplitudes) amplitudes = amplitudes - baseZ index = np.where(ttlins==0)[0] # print("index",index) # print("indexP",indexP) # print("indexZ",np.where( marks=='Z')) if isplot==1: plt.figure(figsize=(20,20)) for i in range(0,scanTimes.shape[0]): plt.subplot(len(times),1,i+1) plt.plot(timestamps,amplitudes,'k') plt.plot(timestamps[index].tolist(),amplitudes[index].tolist(),'b') plt.plot(timestamps[indexP].tolist(),amplitudes[indexP].tolist(),'go') plt.plot(timestamps[indexZ].tolist(),amplitudes[indexZ].tolist(),'yo') amplitudesA=np.zeros(scanTimes.shape) for j in range(0,scanTimes.shape[1]): distance = abs(scanTimes[i,j]-timestamps) index0 = [np.argmin(distance)] amplitudesA[i,j] = amplitudes[index0[0]] plt.plot(scanTimes[i,:],amplitudesA[i,:],'r.') plt.show() return amplitudesA 这段代码跟在我给你发的上一个代码后面,请帮我解释一下它们一起是什么意思

这段代码实现了一个函数,该函数接受三个参数:ttlins,marks和scanTimes。ttlins是一个1D的数组,用于记录时间戳,marks是一个1D的字符串数组,用于标记时间戳的类型,scanTimes是一个2D的数组,记录了一些时间戳。该函数的目的是通过对原始信号进行预处理,将其转换为幅度与时间的函数,以便进行进一步的处理和分析。 该函数的主要实现过程如下: 1.计算基线值:通过计算标记为“P”和“Z”的时间戳的平均值,计算出基线值baseZ。 2.对原始信号进行预处理:将原始信号amplitudes减去基线值baseZ,得到处理后的信号amplitudes。 3.对amplitudes进行绘图:如果isplot为1,则绘制amplitudes的图像,其中蓝色点标记了ttlins中值为0的时间戳的位置,绿色圆点标记了标记为“P”的时间戳的位置,黄色圆点标记了标记为“Z”的时间戳的位置。 4.根据scanTimes提取amplitudes的值:对于scanTimes中的每个时间戳,通过计算其与amplitudes中时间戳的距离,找到离其最近的时间戳的索引,从而得到该时间戳对应的amplitudes的值。将这些值存储在amplitudesA数组中,并返回amplitudesA数组。

def getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=0): #读取vxp文档的信息 with open(vxpPath, 'rb') as f: num = 0 amplitudes=[] phases=[] timestamps=[] ttlins=[] marks=[] for line in f: num += 1 if num>=11: line = line.strip() line = str(line, encoding = "utf8") #print(line) line = line.split(',') amplitudes.append(float(line[0])) phases.append(line[1]) time = line[2] if len(time)<4: ms = int(time) s = 0 else: ms = int(time[len(time)-3:]) s = int(time[0:len(time)-3]) timestamps.append(s+ms/1000) # unit [s] ttlins.append(int(line[4])) marks.append(line[5]) amplitudes = np.array(amplitudes) timestamps = np.array(timestamps) ttlins = np.array(ttlins) marks = np.array(marks) indexP = np.where( marks=='P')[0] indexZ = np.where( marks=='Z')[0] if len(indexP)>len(indexZ): indexP=indexP[0:len(indexZ)] else: indexZ=indexP[0:len(indexP)] #print(amplitudes[indexP].tolist()) # 计算base line,使振幅均值为0 baseZ = np.average((amplitudes[indexP]+amplitudes[indexZ])/2) print('baseZ = {}'.format(baseZ)) amplitudes = np.array(amplitudes) amplitudes = amplitudes - baseZ if isplot==1: plt.figure(figsize=(20,5)) plt.plot(timestamps,amplitudes,'k') index = np.where( ttlins==0)[0] if isplot==1: plt.plot(timestamps[index].tolist(),amplitudes[index].tolist(),'b') plt.plot(timestamps[indexP].tolist(),amplitudes[indexP].tolist(),'go') plt.plot(timestamps[indexZ].tolist(),amplitudes[indexZ].tolist(),'yo') amplitudesA=np.zeros(scanTimes.shape) for i in range(0,scanTimes.shape[0]): for j in range(0,scanTimes.shape[1]): distance = abs(scanTimes[i,j]-timestamps) index = [np.argmin(distance)] amplitudesA[i,j] = amplitudes[index[0]] #timestamps1.append(timestamps[index[0]]) #amplitudes=amplitudes1 #timestamps=timestamps1 if isplot==1: plt.plot(scanTimes[i,:],amplitudesA[i,:],'r.') if isplot==1: plt.show() return amplitudesA

这是一个Python函数,用于读取vxp文档中的信息,并计算出相应的呼吸曲线。函数接受三个参数:vxpPath(vxp文档的路径),scanTimes(扫描时间)和isplot(是否绘制呼吸曲线图)。函数首先打开vxp文档,读取其中的振幅、相位、时间戳、TTL以及标记等信息。然后,函数计算出基线(base line),使得振幅均值为0。接下来,函数根据扫描时间计算出每个时间点对应的振幅值,并返回呼吸曲线。如果isplot参数为1,则函数还会绘制呼吸曲线图。

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详细解释一下这段代码GTV_indexes = [] GTVs_sum = np.zeros((512,512)) # Find the cuts containning GTV contours minXY = 600 maxXY = -1 for time in times: path = folder+patient+'\\'+str(int(time)) # Find the filenames starting with CT minXY1,maxXY1,GTV_index = findContours(path,isPlot=False) GTV_indexes=np.append(GTV_indexes,GTV_index) if minXY>minXY1: minXY = minXY1 elif maxXY<maxXY1: maxXY = maxXY1 print('minXY={}'.format(minXY),'maxXY={}'.format(maxXY)) GTV_indexes = np.array(GTV_indexes) GTV_indexes = np.unique(GTV_indexes).astype(int) print('Cuts including GTVs: {}'.format(GTV_indexes)) writeToFile(GTV_indexes,folder+patient+'\\GTV_indexs.txt') #将DICOM文件的拍摄时间与呼吸曲线对应 #CT scanning time # 由vxp文件获取开始扫描的时刻 vxpPath = folder+patient+'\\0006863819_20200730_090003.vxp' injectTime = getInjectionTime(vxpPath) print('Initial injection time of CT from vxp file:{}'.format(injectTime)) # 得到GTV cut的扫描时刻 scanTimes = np.ones((len(times),len(cuts))) print('scan time of each phase CT') for i,time in enumerate(times,start=0): for j,cut in enumerate(cuts,start=0): filename = folder+patient+'\\'+str(int(time))+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(int(cut)) scanTime = getScanTime(filename) scanTimes[i,j] = scanTime scanTimes = scanTimes-scanTimes.min()+injectTime # 画出呼吸曲线,并得到相应的呼吸幅度 amplitudes = getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=1) writeToFile(scanTimes,folder+patient+'\\scanTimes.txt') writeToFile(amplitudes,folder+patient+'\\amplitudes.txt')

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