cuda12.1 安装gromacs详细步骤

安装CUDA 12.1 和 GROMACS 的详细步骤如下：

**前提条件：**
1. 首先确保你的系统上已经安装了 CUDA Toolkit 12.1。
2. 检查你的操作系统，GROMACS 支持 Linux（Ubuntu 或 CentOS）、macOS 和 Windows Subsystem for Linux (WSL)。

**安装步骤：**

1. **更新系统：**
- 对于 Ubuntu/Debian 系统：```sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade```
- 对于 CentOS/RHEL 系统：```sudo yum update```

2. **安装编译工具链：**
- Ubuntu: ```sudo apt-get install build-essential cmake git``
- CentOS: ```sudo yum install gcc-c++ make cmake git```

3. **下载 GROMACS：**

   并进入目录：`cd gromacs`

4. **配置 GROMACS：**

./configure --prefix=/path/to/install --with-cuda=/usr/local/cuda-12.1

   替换 `/path/to/install` 为你想安装 GROMACS 的位置，`/usr/local/cuda-12.1` 为你的 CUDA 安装路径。

5. **编译 GROMACS：**

make -j <num_of_threads> # 使用多线程加速，替换 <num_of_threads> 为你系统的核数

6. **安装 GROMACS：**

sudo make install

7. **检查安装：**
   在终端运行 `gmx_mpi` 或 `gmx` 来验证 GROMACS 是否已成功安装并检测到 CUDA。

8. **（可选）添加环境变量：**
   - 如果你是使用bash shell，可以在 `.bashrc` 中添加：

`export PATH=/path/to/install/bin:$PATH`
- 保存并关闭 .bashrc 文件，然后 `source ~/.bashrc` 加载新设置。

**注意事项：**
- 确保你的 CUDA toolkit 和 cuDNN 版本与 GROMACS 兼容。
- 可能需要对某些依赖项进行额外的安装，比如 OpenMPI、NCCL 等，具体取决于你的需求和集群环境。