gromacs 安装
时间: 2023-08-09 18:11:12 浏览: 185
根据提供的引用内容,有多种安装Gromacs的方法。以下是其中几种常见的安装方法:
方法一:
1. 首先安装openmpi。
2. 然后安装gmx,可以使用以下命令进行安装:
```
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338
cmake3 .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_MPI=ON
make install -j
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
```
这个方法没有指定安装路径,所以会默认安装到/usr/local/gromacs文件夹下。
方法二:
1. 下载gromacs的压缩包,并解压。
2. 进入解压后的目录,创建一个build文件夹。
3. 进入build文件夹,使用以下命令进行安装:
```
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
```
方法三:
1. 下载gromacs的压缩包,并解压。
2. 进入解压后的目录,创建一个build文件夹。
3. 进入build文件夹,使用以下命令进行安装:
```
cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/export/parastor/users/qlstu02/chenyy/soft/gmx-2019.3 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_SIMD=SSE2
make
make install
```
安装完成后,可以将以下内容添加到.bashrc文件中,使其生效:
```
export PATH=$PATH:/home/export/parastor/users/qlstu02/chenyy/soft/gmx-2019.3/bin
export PKG_CONFIG_PATH="$PKG_CONFIG_PATH:/home/export/parastor/users/qlstu02/chenyy/soft/gmx-2019.3/lib64/pkgconfig"
```
以上是三种常见的Gromacs安装方法,您可以根据自己的需求选择其中一种进行安装。