gromacs 安装

根据提供的引用内容，有多种安装Gromacs的方法。以下是其中几种常见的安装方法：

方法一：
1. 首先安装openmpi。
2. 然后安装gmx，可以使用以下命令进行安装：

mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338
cmake3 .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_MPI=ON
make install -j
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

这个方法没有指定安装路径，所以会默认安装到/usr/local/gromacs文件夹下。

方法二：
1. 下载gromacs的压缩包，并解压。
2. 进入解压后的目录，创建一个build文件夹。
3. 进入build文件夹，使用以下命令进行安装：

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

方法三：
1. 下载gromacs的压缩包，并解压。
2. 进入解压后的目录，创建一个build文件夹。
3. 进入build文件夹，使用以下命令进行安装：

cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/export/parastor/users/qlstu02/chenyy/soft/gmx-2019.3 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_SIMD=SSE2
make
make install

安装完成后，可以将以下内容添加到.bashrc文件中，使其生效：

export PATH=$PATH:/home/export/parastor/users/qlstu02/chenyy/soft/gmx-2019.3/bin
export PKG_CONFIG_PATH="$PKG_CONFIG_PATH:/home/export/parastor/users/qlstu02/chenyy/soft/gmx-2019.3/lib64/pkgconfig"

以上是三种常见的Gromacs安装方法，您可以根据自己的需求选择其中一种进行安装。