帮我写一段提取蛋白复合物结构中单链,使用biopython

时间: 2024-03-10 18:47:36 浏览: 22
好的,以下是使用Biopython提取蛋白复合物结构中单链的示例代码: ```python from Bio.PDB import * # 读取PDB文件 parser = PDBParser() structure = parser.get_structure("complex", "complex.pdb") # 提取单链 model = structure[0] chains = model.get_chains() for chain in chains: # 将单链写入PDB文件 io = PDBIO() io.set_structure(chain) io.save(chain.get_id() + ".pdb") ``` 以上代码将读取名为"complex.pdb"的PDB文件,然后提取每个单链并将其写入单独的PDB文件中。你可以将文件名和路径替换为你自己的文件名和路径。在这个示例中,我们使用`PDBParser`类来读取PDB文件,然后使用`get_chains`方法获取每个单链并将其写入单独的PDB文件。
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请帮我写一段单链表模板程序

好的,以下是一个单链表的模板程序,可以根据需要进行修改: ```c++ #include <iostream> using namespace std; //定义单链表节点结构体 template <typename T> struct ListNode { T val; ListNode* next; ListNode(T x) : val(x), next(nullptr) {} }; //定义单链表类 template <typename T> class LinkedList { public: LinkedList() : head(nullptr), tail(nullptr), size(0) {} ~LinkedList() { ListNode<T>* cur = head; while (cur) { ListNode<T>* temp = cur; cur = cur->next; delete temp; } head = tail = nullptr; size = 0; } //在链表尾部添加节点 void add(T x) { ListNode<T>* node = new ListNode<T>(x); if (!head) { head = tail = node; } else { tail->next = node; tail = node; } size++; } //删除链表中所有值为x的节点 void remove(T x) { ListNode<T>* cur = head; ListNode<T>* pre = nullptr; while (cur) { if (cur->val == x) { if (cur == head) { head = head->next; } else if (cur == tail) { tail = pre; tail->next = nullptr; } else { pre->next = cur->next; } ListNode<T>* temp = cur; cur = cur->next; delete temp; size--; } else { pre = cur; cur = cur->next; } } } //打印链表中所有节点的值 void print() { ListNode<T>* cur = head; while (cur) { cout << cur->val << " "; cur = cur->next; } cout << endl; } //返回链表的长度 int getSize() { return size; } private: ListNode<T>* head; ListNode<T>* tail; int size; }; int main() { LinkedList<int> list; list.add(1); list.add(2); list.add(3); list.add(4); list.print(); //输出:1 2 3 4 list.remove(2); list.print(); //输出:1 3 4 cout << "size: " << list.getSize() << endl; //输出:size: 3 return 0; } ``` 该程序定义了一个单链表的模板类,包括添加节点、删除节点、打印链表和返回链表长度等基本操作。其中,ListNode为单链表节点结构体,LinkedList为单链表类,使用模板类实现了支持任意类型的节点值。

帮我写一段代码完成一个单链表的堆排序

好的,以下是一个单链表堆排序的示例代码: ```python class ListNode: def __init__(self, val=0, next=None): self.val = val self.next = next def heap_sort(head): if not head: return None heap = [] cur = head while cur: heap.append(cur.val) cur = cur.next n = len(heap) # 建立小根堆 for i in range(n // 2 - 1, -1, -1): heapify(heap, n, i) # 堆排序 for i in range(n - 1, 0, -1): heap[0], heap[i] = heap[i], heap[0] heapify(heap, i, 0) # 构建排序后的链表 dummy = ListNode(0) cur = dummy for val in heap: cur.next = ListNode(val) cur = cur.next return dummy.next def heapify(heap, n, i): smallest = i left = 2 * i + 1 right = 2 * i + 2 if left < n and heap[left] < heap[smallest]: smallest = left if right < n and heap[right] < heap[smallest]: smallest = right if smallest != i: heap[i], heap[smallest] = heap[smallest], heap[i] heapify(heap, n, smallest) ``` 使用方法: ```python l = ListNode(4, ListNode(2, ListNode(1, ListNode(3)))) l_sorted = heap_sort(l) ``` 这个算法的时间复杂度为 O(nlogn),其中 n 是链表的长度。

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