帮我写一段提取蛋白复合物结构中单链,使用biopython
时间: 2024-03-10 18:47:36 浏览: 22
好的,以下是使用Biopython提取蛋白复合物结构中单链的示例代码:
```python
from Bio.PDB import *
# 读取PDB文件
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("complex", "complex.pdb")
# 提取单链
model = structure[0]
chains = model.get_chains()
for chain in chains:
# 将单链写入PDB文件
io = PDBIO()
io.set_structure(chain)
io.save(chain.get_id() + ".pdb")
```
以上代码将读取名为"complex.pdb"的PDB文件,然后提取每个单链并将其写入单独的PDB文件中。你可以将文件名和路径替换为你自己的文件名和路径。在这个示例中,我们使用`PDBParser`类来读取PDB文件,然后使用`get_chains`方法获取每个单链并将其写入单独的PDB文件。
相关问题
请帮我写一段单链表模板程序
好的,以下是一个单链表的模板程序,可以根据需要进行修改:
```c++
#include <iostream>
using namespace std;
//定义单链表节点结构体
template <typename T>
struct ListNode {
T val;
ListNode* next;
ListNode(T x) : val(x), next(nullptr) {}
};
//定义单链表类
template <typename T>
class LinkedList {
public:
LinkedList() : head(nullptr), tail(nullptr), size(0) {}
~LinkedList() {
ListNode<T>* cur = head;
while (cur) {
ListNode<T>* temp = cur;
cur = cur->next;
delete temp;
}
head = tail = nullptr;
size = 0;
}
//在链表尾部添加节点
void add(T x) {
ListNode<T>* node = new ListNode<T>(x);
if (!head) {
head = tail = node;
} else {
tail->next = node;
tail = node;
}
size++;
}
//删除链表中所有值为x的节点
void remove(T x) {
ListNode<T>* cur = head;
ListNode<T>* pre = nullptr;
while (cur) {
if (cur->val == x) {
if (cur == head) {
head = head->next;
} else if (cur == tail) {
tail = pre;
tail->next = nullptr;
} else {
pre->next = cur->next;
}
ListNode<T>* temp = cur;
cur = cur->next;
delete temp;
size--;
} else {
pre = cur;
cur = cur->next;
}
}
}
//打印链表中所有节点的值
void print() {
ListNode<T>* cur = head;
while (cur) {
cout << cur->val << " ";
cur = cur->next;
}
cout << endl;
}
//返回链表的长度
int getSize() {
return size;
}
private:
ListNode<T>* head;
ListNode<T>* tail;
int size;
};
int main() {
LinkedList<int> list;
list.add(1);
list.add(2);
list.add(3);
list.add(4);
list.print(); //输出:1 2 3 4
list.remove(2);
list.print(); //输出:1 3 4
cout << "size: " << list.getSize() << endl; //输出:size: 3
return 0;
}
```
该程序定义了一个单链表的模板类,包括添加节点、删除节点、打印链表和返回链表长度等基本操作。其中,ListNode为单链表节点结构体,LinkedList为单链表类,使用模板类实现了支持任意类型的节点值。
帮我写一段代码完成一个单链表的堆排序
好的,以下是一个单链表堆排序的示例代码:
```python
class ListNode:
def __init__(self, val=0, next=None):
self.val = val
self.next = next
def heap_sort(head):
if not head:
return None
heap = []
cur = head
while cur:
heap.append(cur.val)
cur = cur.next
n = len(heap)
# 建立小根堆
for i in range(n // 2 - 1, -1, -1):
heapify(heap, n, i)
# 堆排序
for i in range(n - 1, 0, -1):
heap[0], heap[i] = heap[i], heap[0]
heapify(heap, i, 0)
# 构建排序后的链表
dummy = ListNode(0)
cur = dummy
for val in heap:
cur.next = ListNode(val)
cur = cur.next
return dummy.next
def heapify(heap, n, i):
smallest = i
left = 2 * i + 1
right = 2 * i + 2
if left < n and heap[left] < heap[smallest]:
smallest = left
if right < n and heap[right] < heap[smallest]:
smallest = right
if smallest != i:
heap[i], heap[smallest] = heap[smallest], heap[i]
heapify(heap, n, smallest)
```
使用方法:
```python
l = ListNode(4, ListNode(2, ListNode(1, ListNode(3))))
l_sorted = heap_sort(l)
```
这个算法的时间复杂度为 O(nlogn),其中 n 是链表的长度。