使用 ASE 来完成晶胞及原子结构的进一步优化 mol = mol_ini.clone() p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol) calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv) p1.set_calculator(calc_elastic) box = Mushybox(p1) # dyn = FIRE(p1, maxstep=0.1) dyn = FIRE(box, maxstep=0.1) dyn.run(fmax=0.001, steps=100)。修改上述代码,输出ASE晶胞优化的结构到当前目录下
时间: 2024-03-07 16:46:52 浏览: 138
APSO1.rar_多目标优化_好用_改进的粒子群算法_粒子群_项目多目标
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好的,您可以参考下面的代码来实现:
```
import os
from ase.io import write
mol = mol_ini.clone()
p1 = spdkit.to_ase_atoms(mol)
calc_elastic = ElasticModel(mol, chemenv)
p1.set_calculator(calc_elastic)
box = Mushybox(p1)
dyn = FIRE(box, maxstep=0.1)
dyn.run(fmax=0.001, steps=100)
# 将优化后的结构输出至当前目录下的out.cif文件中
write(os.path.join(os.getcwd(), 'out.cif'), p1)
```
以上代码会将优化后的结构输出为 CIF 格式的文件,并保存在当前目录下。您可以根据需要修改输出格式,例如将 `write()` 函数的第一个参数改为 `out.xyz` 以输出为 XYZ 格式的文件。
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