nii文件进行调节窗宽窗位等预处理操作,再转化为2D切片保存在F:\Datasets\try\dicom_to_nii\1.1\png下
时间: 2023-08-13 07:06:11 浏览: 209
下面是一个示例代码,可以使用Python中的Nibabel和OpenCV库来进行nii文件的窗宽窗位调整和转化为2D切片,并保存为PNG图像的预处理操作:
```python
import nibabel as nib
import numpy as np
import cv2
import os
def adjust_window(image_path, window_center, window_width):
# 读取nii文件
image = nib.load(image_path)
data = image.get_fdata()
# 计算窗宽窗位所需的最小和最大像素值
min_value = window_center - (window_width / 2)
max_value = window_center + (window_width / 2)
# 调整像素值范围
adjusted_data = np.clip(data, min_value, max_value)
return adjusted_data
def save_slices_as_png(image_path, output_dir):
# 创建输出目录
os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)
# 调整窗宽窗位
adjusted_data = adjust_window(image_path, window_center, window_width)
# 保存2D切片为PNG图像
for i in range(adjusted_data.shape[2]):
slice_data = adjusted_data[:, :, i].astype(np.uint8)
slice_image = cv2.cvtColor(slice_data, cv2.COLOR_GRAY2BGR)
output_path = os.path.join(output_dir, f"slice_{i + 1}.png")
cv2.imwrite(output_path, slice_image)
# 示例用法
image_path = 'path/to/your/image.nii.gz'
output_dir = 'F:/Datasets/try/dicom_to_nii/1.1/png'
window_center = 40
window_width = 80
save_slices_as_png(image_path, output_dir)
```
在这个示例中,我们首先定义了一个函数`adjust_window`,用于调整窗宽窗位。然后,我们定义了另一个函数`save_slices_as_png`,用于将调整后的数据保存为PNG图像。
在示例用法中,您需要将`image_path`替换为您的nii文件路径,`output_dir`替换为您希望保存PNG图像的目录。同时,您可以根据需要设置窗宽窗位的值。
请注意,示例中的代码假设nii文件中的数据是二维切片的堆叠。如果nii文件中包含其他维度的数据,您可能需要根据实际情况进行调整。此外,您还可以根据需要对图像进行其他预处理操作,例如缩放、旋转等。
阅读全文