import csv # 读取CSV文件 with open('E:\泛基因组分析\ORF\ORF_HMMER_extrct\ORF1b.csv', 'r') as csvfile: csvreader = csv.reader(csvfile) header = next(csvreader) # 跳过标题行 # 遍历CSV文件中的每一行,将其转换为Fasta格式并写入到文件中 with open('ORF1b.fasta', 'w') as fastafile: for row in csvreader: # 将CSV文件中的第一列作为序列的ID,第二列作为序列的描述信息,第三列作为序列的碱基序列 fastafile.write('>{}\n{}\n'.format(row[0], row[1]))
时间: 2024-04-02 21:33:08 浏览: 74
读取和写入csv文件
这段代码是用 Python 读取一个名为 ORF1b.csv 的 CSV 文件,并将其中的数据转化成 Fasta 格式,最后将转换后的数据写入到名为 ORF1b.fasta 的文件中。其中,csv.reader() 函数用于读取 CSV 文件,next() 函数用于跳过标题行,遍历 CSV 文件并将其转化为 Fasta 格式的过程使用了 for 循环,最后使用 write() 函数将转化后的数据写入到 ORF1b.fasta 文件中。
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