data_mt.gene <- read.table("mt.gene.txt", + header=TRUE, row.names=1) Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not have 86 elements，第一行如何设置为84？

如果你想将第一行设置为84列而不是默认的86列，可以使用`col.names`参数来指定列名。具体来说，你可以使用以下代码：

data_mt.gene <- read.table("mt.gene.txt", header=TRUE, row.names=1, col.names=1:84)

在这个例子中，`col.names`参数将第一列到第84列的列名设置为1到84。这将告诉R只读取前84列，而忽略第85列和第86列。这样做可能会导致一些数据丢失，所以确保你的数据文件中只有84列数据。

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data_mt.gene <- read.table("4.All_SMT/6.Single_function_gene/3.mt.gene/HSM.mRNA.cpm.Symbol.mt.gene.txt", + header=TRUE, row.names=1,col.names=1:84) Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 14523 did not have 85 elements In addition: Warning message: In read.table("mt.gene.txt", : 表头名称和'col.names'的长度不一样

这个错误信息表明指定的列名长度与实际的列数不匹配。在你的代码中，你使用了`col.names=1:84`将列名设置为1到84，但是读取的文件中实际的列数可能不是84。这可能导致R无法正确读取数据并发出错误警告。

为了解决这个问题，你需要确保指定的列名长度与实际的列数相同。你可以通过查看文件中的列数来确定实际的列数。例如，你可以使用以下代码来查看文件中的列数：

ncol(read.table("4.All_SMT/6.Single_function_gene/3.mt.gene/HSM.mRNA.cpm.Symbol.mt.gene.txt", header=TRUE, nrow=1))

这将输出文件中的列数。一旦你知道了实际的列数，你就可以将`col.names`参数设置为相应的值。