fCountsList = featureCounts(bamFile, annot.ext=gtfFile, isGTFAnnotationFile=TRUE, nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALS) Error in featureCounts(bamFile, annot.ext = gtfFile, isGTFAnnotationFile = TRUE, : object 'FALS' not found
时间: 2024-03-25 07:37:36 浏览: 67
这个错误信息提示了一个对象'FALS'未找到的错误,这很可能是因为您在函数调用中将`isPairedEnd`参数的值设置为"FALS"而不是`FALSE`,因此R语言无法识别该值。
请尝试将`isPairedEnd`参数的值更正为`FALSE`,然后重新运行您的代码,例如:
```
fCountsList = featureCounts(bamFile, annot.ext=gtfFile, isGTFAnnotationFile=TRUE, nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALSE)
```
这应该会解决这个问题。
相关问题
fCountsList = featureCounts(bamFile, annot.ext=gtfFile, isGTFAnnotationFile=TRUE, nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALS)dgeList = DGEList(counts=fCountsList$counts, genes=fCountsList$annotation)输出报错
这个错误可能是因为`fCountsList`对象中没有`counts`和`annotation`属性。请检查`fCountsList`对象的内容,确保它包含你所需的属性。你可以使用`names()`函数来列出`fCountsList`对象中可用的属性名称,例如`names(fCountsList)`。如果`counts`和`annotation`不是`fCountsList`对象的属性,请检查`featureCounts()`函数的调用是否正确。如果您已经确定这两个属性存在,请检查它们是否被正确地命名,或者是否需要使用其他名称。
sns.heatmap(df_corr, xticklabels=df_corr.columns, yticklabels=df_corr.columns, cmap='RdYlBu', center=0.7, annot=True, annot_kws={"fontsize":10},cbar_kws={"ticks": [round(df_corr.min().min(),2),0.7, 0.85, 1]})
这是一个使用 seaborn 库中的 heatmap 函数绘制热力图的代码,其中 df_corr 是一个 DataFrame 对象,表示需要绘制的相关系数矩阵。参数 xticklabels 和 yticklabels 分别指定了 x 轴和 y 轴上的刻度标签,其值为 df_corr 中的列名。cmap 参数指定了热力图的颜色映射,这里使用了红黄蓝色调的 RdYlBu,center 参数指定了颜色映射的中心值。annot 参数为 True 时,在热力图上显示具体数值,annot_kws 参数指定了显示数值的字体大小。cbar_kws 参数用于设置 colorbar 的属性,其中 ticks 参数指定了 colorbar 上的刻度值。
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