r语言write.csv和write.csv2的区别
时间: 2023-12-13 10:05:51 浏览: 415
write.csv 和 write.csv2 都是 R 语言中用于将数据框(data.frame)对象写入 CSV 文件的函数,它们的主要区别在于默认的分隔符不同。
write.csv 默认使用逗号(,)作为分隔符,而 write.csv2 则使用分号(;)作为分隔符。这是因为在某些国家,如德国和法国,小数点使用逗号而不是点,因此使用逗号作为分隔符可能会与小数点的使用混淆,导致数据读取错误。而使用分号作为分隔符则可以避免这个问题。
因此,如果你的数据中包含了小数点,并且你将要与使用逗号作为小数点分隔符的用户共享数据,建议使用 write.csv2 函数,否则使用 write.csv 函数即可。
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分句解释这段代码 #select samples which are common to clinical file 选择临床文件中常见的样本 for (i in cancer_types){ colname_slice(str_c(dir,'\tcga_data',i,'\normalized_rna.csv'),1,12) #cut colnames colname_slice(str_c(dir,'\tcga_data',i,'\normalized_mi.csv'),1,12) } pb <- progress_bar$new(total = length(cancer_types)) for (i in cancer_types){ #intersect rna and clinical df<-read.csv(str_c(dir,'\tcga_data',i,'\normalized_rna.csv'),row.names = 1, check.names = F) df<-df[,!duplicated(colnames(df))] clinic<-read.csv(str_c(dir,'\tcga_data',i,'\TCGA-',i,'-clinical.csv'),row.names = 1, check.names = F) inter<-intersect(colnames(df),clinic[,1]) df<-df[,colnames(df)%in%inter] write.csv(df,str_c(dir,'\tcga_data',i,'\normalized_rna.csv'),quote = F) #intersect miRNA and clinical df<-read.csv(str_c(dir,'\tcga_data',i,'\normalized_mi.csv'),row.names = 1, check.names = F) df<-df[,!duplicated(colnames(df))] inter<-intersect(colnames(df),clinic[,1]) df<-df[,colnames(df)%in%inter] write.csv(df,str_c(dir,'\tcga_data',i,'\normalized_mi.csv'),quote = F) clinic<-clinic[clinic[,1]%in%inter,] write.csv(clinic,str_c(dir,'\tcga_data',i,'\TCGA-',i,'-clinical.csv'),quote = F) pb$tick() } rm(df,clinic,inter,dt)
这段代码的作用是从临床文件中选择常见的样本。首先,使用一个循环遍历变量 `cancer_types` 中的每个元素。在循环内部,通过 `colname_slice()` 函数提取文件路径,并使用 `read.csv()` 函数读取两个不同的文件(normalized_rna.csv 和 normalized_mi.csv),其中 `row.names = 1` 表示将第一列作为行名,`check.names = F` 表示不检查列名。
然后,通过交集操作找到两个数据集中共同存在的列名,并将其保留在数据框 `df` 中。接着,使用 `write.csv()` 函数将 `df` 数据框写入相应的文件路径中。
最后,通过一个进度条对象 `pb` 跟踪循环的进度,并在每次循环迭代中更新进度。循环结束后,使用 `rm()` 函数删除不再需要的变量。
总结起来,这段代码的目标是选择临床文件和两个数据集中共同存在的样本,并将处理后的数据保存到对应的文件中。
read.csv与write.csv
read.csv 是 R 语言中用于读取 CSV 文件的函数,它可以将 CSV 文件读入到 R 中,生成一个数据框(data.frame)对象。write.csv 则是用于将数据框对象写入 CSV 文件的函数,它可以将 R 中的数据框以 CSV 文件的形式保存到本地磁盘上。这两个函数都是 R 语言中常用的数据读写函数,方便用户进行数据操作和分析。
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