Amber计算同一链上两部分的结合自由能,输出文件的内容
时间: 2024-02-19 21:58:20 浏览: 54
为了计算同一链上两个部分的结合自由能,您可以使用Amber中的MM-PBSA方法。以下是一个示例输入文件:
```
&general
endframe=1000,
verbose=2,
entropy=0,
decouple=1,
&end
&gb
igb=5,
saltcon=0.1,
iesp=1,
&end
&pb
radiopt=0,
istrng=0.15,
inp=1,
&end
&decomp
idecomp=1,
&end
&trajectories
trajin=traj.nc,
&end
&pb_input
verbose=2,
&end
&pb_output
verbose=2,
&end
&analysis
! Specify the two regions to calculate the binding energy between
! The first region is specified with RES1, and the second with RES2
! The residue numbers correspond to those in the PDB file
RES1=1-10,
RES2=20-30,
&end
&end
```
这个输入文件中,我们指定了使用1000帧的轨迹文件(`traj.nc`)进行计算,并使用GB和PB模型计算溶剂和电荷效应。我们还指定了要计算的两个区域(`RES1=1-10`和`RES2=20-30`),这样我们就可以计算它们之间的结合自由能。
输出文件的内容会包括每个残基的贡献、每种相互作用的贡献,以及总的结合自由能。具体输出内容可以根据您的需要在输入文件中进行设置。