我是要打印成结构式存到D盘streptomedb文件夹下面。
时间: 2024-04-17 15:26:48 浏览: 13
你可以使用以下代码将sdf文件中的分子结构以图片形式保存到D盘streptomedb文件夹下:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
def save_structure_images(filename, output_folder):
suppl = Chem.SDMolSupplier(filename)
for i, mol in enumerate(suppl):
if mol is not None:
output_file = f"{output_folder}/structure_{i+1}.png"
Draw.MolToFile(mol, output_file)
# 调用函数保存sdf文件中的分子结构图片
save_structure_images("your_file.sdf", "D:/streptomedb")
```
请将代码中的`your_file.sdf`替换为你要处理的sdf文件的路径,`D:/streptomedb`为你希望保存图片的文件夹路径。该代码使用RDKit库读取sdf文件,并将每个分子的结构保存为以结构编号命名的png图片。注意确保D盘下的streptomedb文件夹存在。
相关问题
我要打印成2d的结构式
如果你想将SDF文件中的分子结构以2D结构式的形式打印出来,你可以使用RDKit库的`Draw`模块。以下是一个示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
def save_structure_images(filename, output_folder):
suppl = Chem.SDMolSupplier(filename)
for i, mol in enumerate(suppl):
if mol is not None:
output_file = f"{output_folder}/structure_{i+1}.png"
img = Draw.MolToImage(mol, size=(300, 300))
img.save(output_file)
# 调用函数保存SDF文件中的分子结构图片
save_structure_images("your_file.sdf", "D:/streptomedb")
```
请将代码中的`your_file.sdf`替换为你要处理的SDF文件的路径,`D:/streptomedb`为你希望保存图片的文件夹路径。该代码使用RDKit库读取SDF文件,并将每个分子的2D结构以图片形式保存到指定文件夹中。注意确保D盘下的streptomedb文件夹存在。你可以通过调整`size`参数来设置图片的大小。
这里i想从42154行开始处理打印成结构式要怎么写
如果你想从第 42154 行开始处理数据,并将其打印成结构式,你可以使用以下代码示例:
```python
with open('your_file.txt', 'r') as file:
lines = file.readlines()
for line in lines[42154:]:
# 在这里进行处理和打印结构式的操作
print(line)
```
请将 `'your_file.txt'` 替换为你要处理的文件路径。代码中的 `readlines()` 函数将文件内容读取为一个列表,每一行作为一个元素。然后,使用切片 `[42154:]` 来从第 42154 行开始处理数据。在循环中,你可以对每一行进行处理,并将其打印成结构式。
请根据你的实际需求,在代码中进行适当的修改和调整。