现有很多文件夹，利用MultipartFile获取文件全路径,再对源文件夹进行遍历,获取所有的文件，再生成新的目标文件路径，利用FileService将文件上传到文件服务器，最后将源文件路径和目标文件路径保存在数据库中

您可以按照以下步骤完成您的需求：

1. 首先，您需要使用MultipartFile获取上传的文件。您可以使用Spring提供的MultipartFile类来处理文件上传。例如，您可以在控制器中定义一个方法来接收上传的文件：

@PostMapping("/upload")
public String uploadFile(@RequestParam("file") MultipartFile file) {
    // 处理文件
    return "File uploaded successfully.";
}

2. 接下来，您需要遍历源文件夹以获取所有文件。您可以使用Java的File类来实现这一点。例如，您可以编写一个递归方法来遍历文件夹中的所有文件：

public void traverseFolder(File folder) {
    File[] files = folder.listFiles();
    for (File file : files) {
        if (file.isDirectory()) {
            traverseFolder(file);
        } else {
            // 处理文件
        }
    }
}

3. 在处理每个文件时，您需要生成新的目标文件路径。您可以根据需要定义生成规则。例如，您可以使用文件名和时间戳来生成唯一的目标文件名。然后，您可以将目标文件路径保存到一个集合中。

4. 您可以使用FileService类将文件上传到文件服务器。这个类应该包含将文件上传到服务器的逻辑。具体实现取决于您使用的文件服务器和框架。您可以参考文件服务器提供的文档或示例代码来完成这个步骤。

5. 最后，将源文件路径和目标文件路径保存到数据库中。您可以使用数据库访问框架（如JPA或MyBatis）来执行数据库操作。定义一个实体类来表示文件信息，并使用该实体类与数据库进行交互。

请注意，以上步骤仅提供了一个基本的实现思路，具体的实现细节可能会根据您的需求和使用的技术框架有所不同。