p_NMDS_bray+ stat_ellipse(aes(fill = group,color = group), geom = ‘polygon’, level = 0.9, alpha = 0.1, show.legend = FALSE) 中怎么修改fill的颜色

在ggplot2中的`p_NMDS_bray+ stat_ellipse()`图形中，如果你想要改变填充颜色(`fill`)，你需要明确指定`aes()`中的`fill`参数，并为其提供新的颜色值。`group`通常用于表示数据的不同类别，如果你想保持类别间的区别，可以将`aes(fill = "new_color_variable")`替换为`aes(fill = your_group_column)`，这里"new_color_variable"或`your_group_column`应是你数据集中的相应列名。

例如，如果你想让所有组都用红色填充，你可以这样做：

stat_ellipse(aes(fill = your_group_column, color = your_group_column), 
             geom = 'polygon', level = 0.9, alpha = 0.1, fill = "red", 
             show.legend = FALSE)

如果你的数据集中没有名为`your_group_column`的变量，你需要将其替换为实际的变量名。如果想使用预设的颜色序列，可以使用如`scale_fill_manual(values = c("red", "blue", "green"))`这样的函数来自定义颜色。

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改写；scores(nmds)$sites %>% cbind(df) %>% ggplot(aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + geom_point(aes(size = 0.5, color = Group)) + stat_chull(geom = "polygon", aes(group = Group, color = Group, fill = Group), alpha = 0.1) + annotate("text", x = -0.15, y = 0.1, label = paste0("stress: ", format(nmds$stress, digits = 4)), hjust = 0) + theme_bw(base_size = 18)+ theme(text=element_text(family="A",size=20))，不使用$得到相同结果

可以使用`extract()`函数来从分析结果对象中提取所需的元素。下面是使用`extract()`函数重新编写代码的例子：

nmds_scores <- extract(scores(nmds), "sites")
nmds_df <- cbind(nmds_scores, df)
ggplot(nmds_df, aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + 
  geom_point(aes(size = 0.5, color = Group)) + 
  stat_chull(geom = "polygon", aes(group = Group, color = Group, fill = Group), alpha = 0.1) + 
  annotate("text", x = -0.15, y = 0.1, label = paste0("stress: ", format(nmds$stress, digits = 4)), hjust = 0) + 
  theme_bw(base_size = 18) + 
  theme(text = element_text(family = "A", size = 20))

这个代码与原始代码的作用是相同的，但使用`extract()`函数来代替了$符号，以便从NMDS分析结果对象中提取所需的元素。

修改下面的代码：nmds <- metaMDS(select(df, starts_with("OTU"))) str(nmds) scores(nmds)$sites %>% cbind(df) %>% ggplot(aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + geom_point(aes(size = 0.5, color = Group)) + stat_chull(geom = "polygon", aes(group = Group, color = Group, fill = Group), alpha = 0.1) + annotate("text", x = -0.15, y = 0.1, label = paste0("stress: ", format(nmds$stress, digits = 4)), hjust = 0) + theme_bw(base_size = 18)+ theme(text=element_text(family="A",size=20))

这段代码是一个简单的NMDS分析和绘图的代码，如果你想对其进行修改，可以考虑以下方面：

1. 数据处理：这段代码中使用了select函数从数据框df中选择以"OTU"开头的列进行分析，你可以根据你的数据框的实际情况修改这个参数。例如，如果你的数据框中的列名包含其他字符串，可以将"OTU"改为其他字符串。

2. 绘图：这段代码中使用了ggplot2包绘制NMDS分析结果的散点图和多边形边界图。你可以根据你的需要修改绘图参数，例如修改点的大小、颜色和形状，修改多边形的透明度和填充色等等。

3. 分析方法：这段代码中使用了vegan包中的metaMDS函数进行NMDS分析，你可以根据需要选择其他方法或改变参数。例如，你可以使用其他包中的函数进行NMDS分析，或者设置不同的维数和距离度量方法。

以下是修改后的代码示例：

# 读取数据
df <- read.csv("mydata.csv", header = TRUE)

# nmds分析
nmds <- metaMDS(df, distance = "bray", k = 2)

# 绘图
scores(nmds)$sites %>% 
  cbind(df) %>% 
  ggplot(aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + 
  geom_point(aes(size = 2, color = Group, shape = Treatment)) + 
  stat_ellipse(aes(color = Group, fill = Treatment), geom = "polygon", alpha = 0.2) +
  scale_color_brewer(palette = "Set1") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") + 
  theme_bw(base_size = 18) +
  theme(text=element_text(family="A",size=20))

这里使用了bray距离度量和2维的NMDS分析方法，同时对点的大小、颜色和形状进行了修改，添加了椭圆边界和调整了调色板。请根据你的实际情况进行适当的修改。