R语言tsv转vcf的完整代码

R语言中将TSV（Tab Separated Values）文件转换成VCF（Variant Call Format）文件通常需要使用特定的库，如`vcflib`。这里是一个简单的例子，假设你已经安装了`vcflib`，并且你的TSV数据存储在名为`input.tsv`的文件中，包含两列：chromosome、position和alleles。

# 首先，确保已安装vcflib包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
  install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("vcflib")

# 加载必要的包
library(vcflib)

# 读取TSV文件
data <- read.table("input.tsv", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)

# 创建一个简单的VCF结构，假设第一列为染色体，第二列为位置，第三列为参考基因型
vcf <- Vcf$new()
rownames(vcf) <- data$Row.names # 或者你可以使用其他列名替换Row.names

# 设置VCF的基本信息
vcf@file_info <- infoDataFrame(c("ID" = "##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description=\"Number of Samples With Data\">"))
vcf@file_format <- formatDataFrame(c("FORMAT" = "GT"))

# 将数据添加到VCF中
for (i in 1:nrow(data)) {
  variant <- Variant$new(chrom = as.character(data$Chromosome[i]), 
                          pos = as.integer(data$Position[i]),
                          ref = data$ReferenceAllele[i],
                          alt = c(data$AlternateAllele[i]))
  
  vcf$add(variant)
}

# 写入VCF文件
writeVcf(vcf, "output.vcf")

注意：这个例子非常基础，实际的VCF文件需要考虑更多的细节，例如样本信息、样本数据等。如果你的数据结构更复杂，可能需要根据`vcflib`文档进行调整。