CD-HIT搭配nohup

CD-HIT（Cluster Distance Hashing with Iterative Tail Extension）是一种常用的序列相似度聚类算法，它通过计算序列之间的局部相似性来寻找并合并具有高度同源性的簇。而nohup是一个Unix/Linux命令行工具，用于在后台运行命令，并且在终端会话结束时不立即关闭进程。

当结合使用CD-HIT和nohup时，目的是为了让CD-HIT能够在你不直接监控终端的情况下持续运行。以下是简单的步骤：

1. **启动nohup**：首先，你需要在命令行输入`nohup cd-hit [command options] &`，这里的[command options]应替换为你要运行CD-HIT的具体参数，比如输入文件、输出目录等。

2. **隐藏终端输出**：`&` 后面的分号 `;` 可选，可以防止nohup命令立即返回，而是让其在后台运行。这将使得终端窗口不会被占用，你可以看到一条类似“nohup cd-hit...”的信息，表示程序已经启动。

3. **查看日志**：nohup通常会生成一个日志文件，如nohup.out，在当前目录下，你可以通过`cat nohup.out` 查看程序运行情况和错误信息，即使你关闭了终端。

相关问题

-bash-4.2$ nohup: ignoring input and appending output

这是一个关于nohup命令的提示信息，意思是忽略输入并将输出附加到`nohup.out`文件中。nohup命令通常用于在后台运行进程，即使退出终端该进程也不会停止。在命令开头使用nohup表示不挂起，而在命令结尾使用`&`表示后台运行。`/dev/null`表示空设备文件，通常用于丢弃不需要的输出。0表示标准输入，1表示标准输出，2表示标准错误。因此，如果您想在后台运行一个进程并将其输出重定向到文件中，可以使用以下命令：`nohup command > output_file 2>&1 &`。

-bash: nohup: command not foun

这个错误提示表示在您的系统中找不到 "nohup" 命令。"nohup" 是一个在后台运行命令时使用的实用程序，它可以使命令在终端关闭后继续运行。

要解决这个问题，您可以尝试以下方法之一：

1. 检查命令是否正确输入：确保命令正确输入，并且没有拼写错误或者其他错误。

2. 确认命令是否被正确安装：使用以下命令检查是否已正确安装 nohup：

   which nohup

如果命令输出了路径，则表示已经安装。如果没有输出或者显示 "command not found"，则表示没有安装 nohup。在这种情况下，您可以通过安装相应的软件包来解决问题。例如，在大多数 Linux 发行版中，可以通过运行以下命令来安装 nohup：

   sudo apt-get install coreutils

3. 检查环境变量：在某些情况下，可能会出现环境变量配置不正确的情况。您可以通过执行以下命令来检查 PATH 环境变量是否包含 nohup 的路径：

   echo $PATH

确认输出中是否包含 nohup 的路径。如果不包含，您可以通过编辑您的 shell 配置文件（如 ~/.bashrc）来添加路径。例如，在文件末尾添加以下行：

   export PATH="/usr/bin:/bin:/path/to/nohup"

然后保存文件并执行以下命令使更改生效：

   source ~/.bashrc

请尝试上述方法，并告诉我是否解决了问题。如果还有其他问题，请告诉我。