Python分子坐标旋转

在Python中，如果你想要对分子坐标进行旋转，通常会使用科学计算库如NumPy和分子动力学库如MDAnalysis。首先，你需要了解基本的三维向量操作，比如旋转矩阵、欧拉角或者四元数。

如果你要绕三个轴（x、y、z）进行旋转，可以使用`numpy`的`rotate_vector`函数配合旋转矩阵。例如，如果你想将原子围绕z轴顺时针旋转90度，可以这样做：

import numpy as np

# 假设原子坐标是一个二维数组，每行代表一个原子的位置
coordinates = np.array([[x, y, z], ...])

# 定义旋转矩阵 (假设逆时针旋转90度)
rotation_matrix_z = np.array([[1, 0, 0],
                              [0, -1, 0],
                              [0, 0, 1]])

# 对每个原子坐标应用旋转
rotated_coordinates = rotation_matrix_z @ coordinates

如果你需要更复杂的旋转，比如欧拉角或四元数，你可以使用MDAnalysis库提供的功能，它有专门用于处理分子旋转的工具。