Error in `map()`: i In index: 1. Caused by error in `dplyr::mutate()`: i In argument: `gene_name = names(object@geneList)`. Caused by error: ! `gene_name` must be size 0 or 1, not 16485. Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.

这个错误提示可能是因为 `names(object@geneList)` 返回了一个长度为 16485 的向量，但是 `mutate()` 函数期望的是一个长度为 0 或 1 的值。你可以使用 `str()` 函数查看 `object@geneList` 的结构，确认其中的列名是什么，然后再使用 `select()` 函数指定要选择的列。例如，如果 `gene_name` 是 `gene_name_col` 列的列名，你可以这样写：

library(dplyr)

data <- data %>%
  select(-gene_name_col) %>%   # 先把 gene_name_col 列去掉
  mutate(gene_name = gene_name_col)   # 再新增 gene_name 列

这样应该就能避免这个错误了。如果还有问题，可以使用 `rlang::last_trace()` 查看详细的错误信息。

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Caused by: java.util.zip.ZipException: error in opening zip file

Caused by: java.util.zip.ZipException: error in opening zip file 的原因可能是位于 Tomcat 安装文件目录中 lib 文件夹下的._tomcat-util.jar 文件读取失败或者读取错误。解决这个问题的方法可以是：

1. 首先，确认你的 Tomcat 安装文件目录中的 lib 文件夹下是否存在名为 ._tomcat-util.jar 的文件。如果存在，可以尝试删除该文件，并重新启动 Tomcat 看看是否能够解决问题。

2. 如果删除该文件后问题仍然存在，可以尝试重新下载 Tomcat 并重新安装，确保安装文件完整且没有损坏。

3. 另外，还可以尝试检查你的操作系统和文件系统是否存在任何问题，例如权限设置或者文件系统损坏等。

请根据具体情况尝试以上方法，希望能够解决你的问题。

Error in `mutate()`: ℹ In argument: `colour = case_when(...)`. Caused by error in `case_when()`: ! could not find function "case_when" --- Backtrace: ▆ 1. ├─pca.result %>% ... 2. ├─dplyr::mutate(...) 3. └─dplyr:::mutate.data.frame(...) 4. └─dplyr:::mutate_cols(.data, dplyr_quosures(...), by) 5. ├─base::withCallingHandlers(...) 6. └─dplyr:::mutate_col(dots[[i]], data, mask, new_columns) 7. └─mask$eval_all_mutate(quo) 8. └─dplyr (local) eval() Run rlang::last_trace(drop = FALSE) to see 3 hidden frames.

这是一个R语言的错误提示，提示在mutate()函数中传递给color参数的case_when()函数出现了问题。错误可能是由于R包版本不兼容或语法错误引起的。您可以使用rlang::last_trace(drop = FALSE)函数查看错误的详细信息，以确定问题的确切原因。其中的Backtrace信息可以展示函数的调用过程，可能有助于查找问题所在。