怎么对照自定义的基因集来筛选自己的seurat 对象中是否表达了该自定义基因集的基因,且通过表达量的中位数对seurat 对象分组

要对照自定义的基因集来筛选自己的seurat对象中是否表达了该自定义基因集的基因，可以使用Seurat包的函数"AddModuleScore"。这个函数可以计算基因集的表达量得分，并将其添加为一个新的元数据列。具体来说，你需要使用"AddModuleScore"函数，将自定义基因集作为参数传入，并指定每个单元的表达量计算方法。例如，可以使用"MedianExpression"来计算中位数表达量。然后，你可以使用"SplitObject"函数根据这个新的元数据列将Seurat对象分组。

下面是一个示例代码：

# 假设你的Seurat对象为"mySeurat"
# 自定义基因集为"myGeneSet"

# 计算自定义基因集的表达量得分
mySeurat <- AddModuleScore(object = mySeurat, 
                            features = myGeneSet, 
                            method = "MedianExpression")

# 根据新的元数据列将Seurat对象分组
mySeurat <- SplitObject(mySeurat, split.by = "myGeneSet_MedianExpression")

这个代码将在你的Seurat对象中添加一个新的元数据列"myGeneSet_MedianExpression"，其中包含每个单元的自定义基因集的中位数表达量得分。然后，你可以使用"SplitObject"函数根据这个新的元数据列将Seurat对象分组，以便进一步分析。