.在右侧Begin-End区域中定义如下二维数组，使用for循环输出数组中所有的数据： 2.使用for循环将上述数组中的数据全部改为： 最后输出修改后scores数组中的数据。

根据您的要求，可以使用以下Java代码实现：

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        int[][] scores = { {78, 89, 77}, {94, 87, 82}, {85, 91, 89} };
        
        // 输出原始数组中的数据
        for(int i = 0; i < scores.length; i++) {
            for(int j = 0; j < scores[i].length; j++) {
                System.out.print(scores[i][j] + " ");
            }
            System.out.println();
        }
        
        // 将数组中的数据全部改为90
        for(int i = 0; i < scores.length; i++) {
            for(int j = 0; j < scores[i].length; j++) {
                scores[i][j] = 90;
            }
        }
        
        // 输出修改后的数组中的数据
        for(int i = 0; i < scores.length; i++) {
            for(int j = 0; j < scores[i].length; j++) {
                System.out.print(scores[i][j] + " ");
            }
            System.out.println();
        }
    }
}

输出结果如下：

78 89 77 
94 87 82 
85 91 89 
90 90 90 
90 90 90 
90 90 90