用python语言描述下面代码:library(ROSE) data.rose=ROSE(y~ ., data =intact, seed = 1)$data table(data.rose$y) str(data.rose) > table(data.rose$y)

时间: 2024-03-31 22:31:51 浏览: 43
很抱歉,您提供的是R语言的代码,不是Python语言。下面是对您提供的R语言代码的简单解释: 1. `library(ROSE)`:加载ROSE包,该包提供了一种用于处理不平衡数据集的方法,可以通过随机过采样来平衡正负样本数量。 2. `data.rose=ROSE(y~ ., data =intact, seed = 1)$data`:使用ROSE函数进行随机过采样,其中y为目标变量,"."表示使用所有其他变量进行建模,data为数据集,seed为随机数种子,$data表示只提取数据集。 3. `table(data.rose$y)`:对过采样后的数据集进行y变量的计数,输出正负样本数量。 4. `str(data.rose)`:查看过采样后的数据集的结构信息。 由于您的代码是R语言的,上述解释可能并不能完全满足您的需求,如果您需要Python的相应代码,可以提供更详细的问题描述,我会尽力为您解答。
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用python语言重写下面代码:library(ROSE) data.rose=ROSE(y~ ., data =intact, seed = 1)$data table(data.rose$y) str(data.rose) > table(data.rose$y)

好的,下面是使用Python语言重写的代码: ```python from imblearn.over_sampling import RandomOverSampler ros = RandomOverSampler(random_state=1) X_resampled, y_resampled = ros.fit_resample(intact.drop(columns='y'), intact['y']) data_rose = pd.concat([X_resampled, y_resampled], axis=1) print(data_rose['y'].value_counts()) print(data_rose.info()) ``` 解释: 1. 首先我们导入`imblearn`库中的`RandomOverSampler`函数,该函数可以实现随机过采样,从而平衡正负样本的数量。 2. 接着,我们定义一个`RandomOverSampler`类的对象`ros`,并传入参数`random_state=1`,以确保每次运行时都使用相同的随机数种子。 3. 然后,我们使用`fit_resample`方法对数据集进行过采样,其中`intact.drop(columns='y')`表示去掉目标变量`y`之后的所有特征,`intact['y']`表示目标变量`y`。过采样之后,得到了新的数据集`X_resampled`和`y_resampled`。 4. 我们使用`pd.concat`函数将`X_resampled`和`y_resampled`合并起来,得到新的数据集`data_rose`。 5. 最后,我们使用`value_counts`方法统计`data_rose`中`y`变量的取值情况,并使用`info`方法查看数据集的结构信息。 需要注意的是,我们在Python中使用`imblearn`库来实现随机过采样,因此在运行上述代码之前需要确保已经安装了该库。

class Partial_conv3(nn.Module): def init(self, dim, n_div, forward): super().init() self.dim_conv3 = dim // n_div self.dim_untouched = dim - self.dim_conv3 self.partial_conv3 = nn.Conv2d(self.dim_conv3, self.dim_conv3, 3, 1, 1, bias=False) self.global_pool = GlobalAvgPool2d() if forward == 'slicing': self.forward = self.forward_slicing elif forward == 'split_cat': self.forward = self.forward_split_cat else: raise NotImplementedError def forward_slicing(self, x: Tensor) -> Tensor: # only for inference x = x.clone() # !!! Keep the original input intact for the residual connection later x[:, :self.dim_conv3, :, :] = self.partial_conv3(x[:, :self.dim_conv3, :, :]) return x def forward_split_cat(self, x: Tensor) -> Tensor: x1, x2 = torch.split(x, [self.dim_conv3, self.dim_untouched], dim=1) x1 = self.global_pool(x1) x1 = self.partial_conv3(x1) x = torch.cat((x1, x2), 1) return x这段代码有什么错误

这段代码并没有明显的语法错误,但是存在一些潜在的问题和需要改进的地方: 1. 类名应该以大写字母开头,应该将 `Partial_conv3` 改为 `PartialConv3`。 2. `super().init()` 应该改为 `super().__init__()`。 3. `self.forward` 方法应该在 `init` 方法中定义,在 `init` 中加入 `self.forward = None`。 4. `forward_split_cat` 方法中,应该先使用 `self.partial_conv3` 对 `x1` 进行卷积操作,再将 `x1` 和 `x2` 进行拼接,即应该将 `x1 = self.partial_conv3(x1)` 放在 `torch.cat((x1, x2), 1)` 之前。 5. `dim` 应该改为 `in_channels`,以更加清晰地表示输入张量的通道数。 6. `forward` 方法的输入参数应该改为 `inputs`,以更加符合命名规范。 以下是修改后的代码: ``` class PartialConv3(nn.Module): def __init__(self, in_channels, n_div, forward): super().__init__() self.dim_conv3 = in_channels // n_div self.dim_untouched = in_channels - self.dim_conv3 self.partial_conv3 = nn.Conv2d(self.dim_conv3, self.dim_conv3, 3, 1, 1, bias=False) self.global_pool = GlobalAvgPool2d() self.forward = None if forward == 'slicing': self.forward = self.forward_slicing elif forward == 'split_cat': self.forward = self.forward_split_cat else: raise NotImplementedError def forward_slicing(self, inputs: Tensor) -> Tensor: # only for inference x = inputs.clone() # !!! Keep the original input intact for the residual connection later x[:, :self.dim_conv3, :, :] = self.partial_conv3(x[:, :self.dim_conv3, :, :]) return x def forward_split_cat(self, inputs: Tensor) -> Tensor: x1, x2 = torch.split(inputs, [self.dim_conv3, self.dim_untouched], dim=1) x1 = self.partial_conv3(x1) x1 = self.global_pool(x1) x = torch.cat((x1, x2), 1) return x ```
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详细逐步解释下列代码:import os.path import re import yaml import csv from tasly import builder_utils ############################ # IntAct - MutationDs # ############################ def parser(databases_directory, download=True): relationships = set() # 加载yml文件 with open('./yml/mutationDsConfig.yml', 'r') as f: config = yaml.safe_load(f) header = config['header'] output_file_name = "mutation_curated_affects_interaction_with.csv" regex = r":(\w+)\(" url = config['mutations_url'] directory = os.path.join(databases_directory, "MutationDs") builder_utils.checkDirectory(directory) file_name = os.path.join(directory, url.split('/')[-1]) if download: builder_utils.downloadDB(url, directory) with open(file_name, 'r', encoding='utf-8') as mf: first = True for line in mf: if first: first = False continue data = line.rstrip("\r\n").split("\t") if len(data) > 12: internal_id = data[0] pvariant= '_'.join(data[1].split(':')) effect = data[5] organism = data[10] interaction = data[11] evidence = data[12] if organism.startswith("9606"): matches = re.finditer(regex, interaction) for matchNum, match in enumerate(matches, start=1): interactor = match.group(1) relationships.add((pvariant, interactor, "CURATED_AFFECTS_INTERACTION_WITH", effect, interaction, evidence, internal_id, "Intact-MutationDs")) # builder_utils.remove_directory(directory) return (relationships, header, output_file_name) if __name__ == '__main__': databases_directory = './databases' relationships, header, output_file_name = parser(databases_directory, download=True) # 新建CSV文件并写入表头 with open(os.path.join('./databases/MutationDs', output_file_name), 'w', newline='', encoding='utf-8') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(header) for item in relationships: writer.writerow(item) print("Data saved to {} successfully!".format('entities.csv'))

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