使用PCA、Isomap对乳腺癌数据集进行降维,使用KNN对数据集进行分类
时间: 2024-01-08 22:04:33 浏览: 107
好的,我可以为您讲解如何使用PCA、Isomap进行降维,以及如何使用KNN进行分类。
首先,PCA和Isomap都是常用的降维算法,它们可以将高维数据映射到低维空间中,以便更好地进行数据分析和可视化。PCA是一种线性降维算法,它通过找到数据中最大方差的方向进行降维。而Isomap是一种非线性降维算法,它可以在保留数据流形结构的基础上进行降维。
对于乳腺癌数据集,我们可以先使用PCA或Isomap进行降维,然后再使用KNN进行分类。具体步骤如下:
1. 加载数据集
我们可以使用sklearn库中的load_breast_cancer函数来加载乳腺癌数据集。
```python
from sklearn.datasets import load_breast_cancer
data = load_breast_cancer()
X, y = data.data, data.target
```
其中,X是特征矩阵,y是标签向量。
2. 数据预处理
在进行数据降维之前,我们需要对数据进行预处理。一般来说,我们需要对数据进行标准化处理,使得每个特征的均值为0,标准差为1。
```python
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
scaler = StandardScaler()
X_scaled = scaler.fit_transform(X)
```
3. 使用PCA或Isomap进行降维
接下来,我们可以使用PCA或Isomap进行降维。
使用PCA:
```python
from sklearn.decomposition import PCA
pca = PCA(n_components=2)
X_pca = pca.fit_transform(X_scaled)
```
使用Isomap:
```python
from sklearn.manifold import Isomap
isomap = Isomap(n_components=2)
X_isomap = isomap.fit_transform(X_scaled)
```
其中,n_components参数表示降维后的维度数。
4. 使用KNN进行分类
最后,我们可以使用KNN进行数据分类。
```python
from sklearn.neighbors import KNeighborsClassifier
from sklearn.model_selection import train_test_split
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X_pca, y, test_size=0.2, random_state=42)
knn = KNeighborsClassifier()
knn.fit(X_train, y_train)
y_pred = knn.predict(X_test)
```
这里我们以PCA降维后的数据为例。首先,我们将数据集分为训练集和测试集,然后使用KNN进行分类,最后计算预测准确率。
完整代码如下:
```python
from sklearn.datasets import load_breast_cancer
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.manifold import Isomap
from sklearn.neighbors import KNeighborsClassifier
from sklearn.model_selection import train_test_split
import numpy as np
# 加载数据集
data = load_breast_cancer()
X, y = data.data, data.target
# 数据预处理
scaler = StandardScaler()
X_scaled = scaler.fit_transform(X)
# 使用PCA进行降维
pca = PCA(n_components=2)
X_pca = pca.fit_transform(X_scaled)
# 使用Isomap进行降维
isomap = Isomap(n_components=2)
X_isomap = isomap.fit_transform(X_scaled)
# 使用KNN进行分类
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X_pca, y, test_size=0.2, random_state=42)
knn = KNeighborsClassifier()
knn.fit(X_train, y_train)
y_pred = knn.predict(X_test)
accuracy = np.mean(y_pred == y_test)
print("PCA + KNN accuracy: {:.2f}%".format(accuracy * 100))
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X_isomap, y, test_size=0.2, random_state=42)
knn = KNeighborsClassifier()
knn.fit(X_train, y_train)
y_pred = knn.predict(X_test)
accuracy = np.mean(y_pred == y_test)
print("Isomap + KNN accuracy: {:.2f}%".format(accuracy * 100))
```
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