我想复制文件名后四位为0206的文件到新文件夹,请修改下面代码 setwd("E:\\LAI\\GLASS_LAI\\IWEMS_LAI\\") #包含需要内容复制文件夹-的上一级文件夹 currentfiles <- "E:/LAI/GLASS_LAI/IWEMS_LAI/8118/" #要复制的文件夹名 newfiles <- "E:/LAI/GLASS_LAI/IWEMS_LAI/8118x/" #复制到的文件夹名 copy <- list.files(currentfiles, pattern="(0206)\\.tif") #设置筛选的内容-筛选5月 15_05_12.tif #copy # 复制选中文件 sapply(copy,function(x){file.copy(paste(currentfiles,x,sep="/"),newfiles,)}) #删除原始文件 #sapply(copy,function(x){file.remove(paste(currentfiles,x,sep="/"))})
时间: 2024-03-13 18:46:34 浏览: 126
请修改以下代码:
```R
setwd("E:/LAI/GLASS_LAI/IWEMS_LAI/") #包含需要内容复制文件夹-的上一级文件夹
currentfiles <- "8118/" #要复制的文件夹名
newfiles <- "8118x/" #复制到的文件夹名
copy <- list.files(paste(currentfiles, sep = ""), pattern = "(0206)\\.tif") #筛选文件名后四位为0206的文件
sapply(copy, function(x) {file.copy(paste(currentfiles, x, sep = ""), paste(newfiles, x, sep = ""), overwrite = TRUE)}) #复制选中文件到新文件夹
#如果需要删除原始文件,取消以下代码段的注释
#sapply(copy, function(x) {file.remove(paste(currentfiles, x, sep = ""))})
```
这段代码将把文件夹8118中文件名后四位为0206的文件复制到文件夹8118x中。如果需要删除原始文件,可以取消掉最后一行代码的注释。
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setwd("D:\\生信\\TCGAload") #数据路径 > library("rjson") > json <- jsonlite::fromJSON("metadata.cart.2023-07-14.json") #metadata文件名 > View(json) > sample_id <- sapply(json$associated_entities,function(x){x[,1]}) > file_sample <- data.frame(sample_id,file_name=json$file_name) > count_file <- list.files('gdc_download_20230714_155413.592273',pattern = '*.tsv',recursive = TRUE) #Counts文件夹名 > count_file_name <- strsplit(count_file,split='/') > count_file_name <- sapply(count_file_name,function(x){x[2]}) > #下面的修改基因数 > matrix = data.frame(matrix(nrow=60660,ncol=0)) > #下面的修改样本例数 > for (i in 1:44){ + path = paste0('gdc_download_20230714_155413.592273',count_file[i]) #Counts文件夹名 + data<- read.delim(path,fill = TRUE,header = FALSE,row.names = 1) + colnames(data)<-data[2,] + data <-data[-c(1:6),] + data <- data[3] #数据类型,选择其中之一 3:unstranded;4:stranded_first;5:stranded_second;6:tpm_unstranded;7:fpkm_unstranded;8:fpkm_uq_unstranded + colnames(data) <- file_sample$sample_id[which(file_sample$file_name==count_file_name[i])] + matrix <- cbind(matrix,data) + } Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file 'gdc_download_20230714_155413.59227303953c9c-8b2b-4e61-bf59-ae75e67fe845/be87079d-9aba-406d-881b-c09077e837db.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv': No such file or directory >
根据您提供的代码,您遇到了文件找不到的错误。错误信息显示无法打开文件 'gdc_download_20230714_155413.59227303953c9c-8b2b-4e61-bf59-ae75e67fe845/be87079d-9aba-406d-881b-c09077e837db.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv',该文件似乎不存在。
请确保在运行该代码之前,您已经正确设置了工作目录并指定了正确的文件路径。还要确保此文件实际存在于指定的位置。
另外,请注意在读取文件时使用正确的文件路径和文件名。您可以通过在命令提示符下运行 `list.files('gdc_download_20230714_155413.592273', pattern = '*.tsv', recursive = TRUE)` 来检查文件是否存在。这将列出匹配模式 '*.tsv' 的所有文件。
如果问题仍然存在,请提供更多关于文件路径和结构的详细信息,以便我能够更好地帮助您解决问题。
setwd("E:/R/R文件/dat.csv") Error in setwd("E:/R/R文件/dat.csv") : cannot change working directory
这个错误是因为你试图将工作目录更改为一个 csv 文件,而不是一个目录。在 R 中,setwd() 函数用于更改工作目录。你需要将其更改为包含 csv 文件的目录,而不是文件本身。例如,如果你的 csv 文件在 E:/R/R文件 目录中,你可以使用以下命令来更改工作目录:
```
setwd("E:/R/R文件")
```
这将更改工作目录为 E:/R/R文件 目录,你就可以使用 read.csv() 函数来读取 csv 文件了。
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