termNum=10 #展示通路的数目 outTab=outTab[order(outTab$t),] outTab=outTab[c(1:termNum,(nrow(outTab)-termNum):nrow(outTab)),] pdf(file="barplot.pdf", width=9, height=6) outTab$t=as.numeric(outTab$t) outTab$Sig=factor(outTab$Sig, levels=c("Down", "Up")) gg1=ggbarplot(outTab, x="Pathway", y="t", fill = "Sig", color = "white", palette=c("blue3", "red3"), sort.val = "asc", sort.by.groups = T, rotate=TRUE, legend="right", title="", xlab="Term", ylab="t value of GSVA score, C2 vs C1", legend.title="Group", x.text.angle=60) print(gg1)

这段代码是用来生成一个条形图，展示通路的数目为10个，其中展示了通路的名称、GSVA分数的t值以及通路的显著性（Up或Down）。条形图使用ggplot2包进行绘制，其中调用了ggbarplot函数。条形图按照GSVA分数的t值进行排序，并且按照显著性进行着色（蓝色表示Down，红色表示Up）。在条形图的右侧生成了一个图例，分别表示Up和Down的颜色含义。最终生成的条形图被保存为一个PDF文件。