cheakm怎么计算相对丰度linux

CheekM是一个用于微生物数据分析的软件工具，特别是在宏基因组学领域。要计算Linux系统中的相对丰度，CheekM通常涉及到以下步骤：

1. **数据预处理**：首先，你需要对序列数据进行质量控制、去除低质量读取、以及对样本进行分类（例如通过FASTA文件中的前缀或命名）。

2. **测序组装**：如果你的数据包含单细胞或多细胞的转录组数据，可能需要先进行转录组组装或OTU（ Operational Taxonomic Units，操作分类单元）生成。

3. **OTU计数**：对于16S或18S等同源序列数据，可以使用像QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）、mothur或DADA2这样的工具对每个OTU进行计数。

4. **物种丰富度计算**：使用`sortmerna`, `usearch`, 或者`feature-table`命令将OTU表转换成物种级别的，并计算每种物种在样品中的相对丰度。丰度通常是基于每个物种的总读数除以所有物种总读数的比例。

5. **统计分析**：使用R语言的` vegan`包或Python的`scipy`库进行进一步的统计分析，如Shannon指数、Chao1估计等，计算每样本的多样性指标。

# 假设你有otu_table.txt OTU表
sortmerna -u otus.fasta -i samples.txt -o sorted_otus.txt
feature-table -i sorted_otus.txt -t T -s 'sampleID' -o species_table.txt