brca基因突变会影响HER2阳性乳腺癌的治疗结局吗？参考文献？

是的，BRCA基因突变会影响HER2阳性乳腺癌的治疗结局。一些研究表明，BRCA突变与HER2阳性乳腺癌的预后不佳有关。另外，一些研究也表明，对于BRCA突变携带者的HER2阳性乳腺癌患者，PARP抑制剂可能是一种有效的治疗选择。

参考文献：

1. Tung N, Lin NU, Kidd J, et al. Frequency of germline mutations in 25 cancer susceptibility genes in a sequential series of patients with breast cancer. J Clin Oncol. 2016;34(13):1460-1468.

2. Litton JK, Rugo HS, Ettl J, et al. Talazoparib in patients with advanced breast cancer and a germline BRCA mutation. N Engl J Med. 2018;379(8):753-763.

3. Robson M, Im SA, Senkus E, et al. Olaparib for metastatic breast cancer in patients with a germline BRCA mutation. N Engl J Med. 2017;377(6):523-533.

相关问题

在R中，对已有的TCGA乳腺癌基因表达谱数据根据barcode命名规则，筛选出匹配的正常样本和乳腺癌样本

首先需要了解TCGA的barcode命名规则：

TCGA的barcode共有四个部分，分别是TCGA组织类型代码、TCGA患者ID、TCGA样本类型代码和TCGA数据处理批次号。例如，TCGA-BRCA中的BRCA表示乳腺癌组织类型代码，而样本类型代码中的11表示原发肿瘤样本，01表示对应的正常样本。

根据这个规则，可以使用正则表达式筛选出对应的样本。假设已有的数据框命名为df，其中包含了所有的样本barcode信息，可以使用下面的代码筛选出对应的正常样本和乳腺癌样本：

# 筛选出所有乳腺癌样本
breast_cancer_samples <- df[grep("^TCGA-BRCA.*-11", df$barcode),]

# 筛选出所有对应的正常样本
normal_samples <- df[grep("^TCGA-BRCA.*-01", df$barcode),]

其中，grep()函数用于匹配正则表达式，"^TCGA-BRCA.*-11"表示以TCGA-BRCA开头，中间可以是任意字符，结尾为-11的样本barcode，即乳腺癌样本；"^TCGA-BRCA.*-01"表示以TCGA-BRCA开头，中间可以是任意字符，结尾为-01的样本barcode，即对应的正常样本。