R语言绘制细菌全基因组圆环图代码

以下是一个完整的R语言绘制细菌全基因组圆环图的代码，使用了`circlize`包和`GenomicFeatures`包中的`makeCircularizedDataFrame`函数，可以绘制出更为精细的基因组圆环图。

library(circlize)
library(GenomicFeatures)

# 读入基因组注释文件（gff格式）
anno <- read.table("genome.gff", header=FALSE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)

# 读入基因组序列文件（fasta格式）
seq <- readDNAStringSet("genome.fasta")

# 将注释信息和序列信息合并成一个数据框
df <- makeCircularizedDataFrame(anno, seq)

# 绘制圆环图
circos.clear()
circos.initializeWithIdeogram(species = "genome", order = unique(df$chrom), track.height = 0.2)
circos.genomicTrackPlotRegion(df, genome="genome", ylim=c(-0.5,0.5), track.height=0.2,
                              panel.fun = function(region, value, ...) {
                                circos.text(mean(region), 0, value$name, facing="clockwise", niceFacing=TRUE)
                                circos.rect(region, col=value$color, border=NA)
                              })
circos.trackPlotRegion(ylim=c(-1,-0.6), bg.border=NA, bg.col="white")
circos.genomicTrackPlotRegion(df, genome="genome", ylim=c(-1,-0.6), track.height=0.2,
                              panel.fun = function(region, value, ...) {
                                circos.rect(region, col=value$color, border=NA)
                              })
circos.genomicAxis(h=1, labels=TRUE, direction="outside", major.by=1e6, track.height=0.1, genome="genome")

其中，`genome.gff`是基因组注释文件，`genome.fasta`是基因组序列文件。运行代码后会生成一个细菌全基因组的圆环图，其中每个基因用不同的颜色表示，相同染色体上的基因按顺序排列。