/usr/bin/which: no cd-hit in (/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/path/to/cd-hit)

这个问题的意思是在当前环境中找不到cd-hit命令。这可能是因为cd-hit没有正确安装或者没有添加到环境变量中。你可以尝试重新安装cd-hit并将其添加到环境变量中。具体步骤如下：
1. 检查cd-hit是否正确安装。你可以在终端中输入“cd-hit -h”来检查是否能够正确运行cd-hit。
2. 如果cd-hit没有正确安装，你可以从官方网站下载最新版本的cd-hit并按照说明进行安装。
3. 如果cd-hit已经正确安装，但是仍然无法在当前环境中找到它，你可以将cd-hit所在的路径添加到环境变量中。具体步骤如下：
a. 打开终端并输入“echo $PATH”来查看当前环境变量。
b. 如果cd-hit所在的路径没有出现在环境变量中，你可以使用以下命令将其添加到环境变量中：
export PATH=$PATH:/path/to/cd-hit
其中，/path/to/cd-hit是cd-hit所在的路径。
c. 输入“echo $PATH”来确认cd-hit已经成功添加到环境变量中。