lwindows虚拟机linux系统,Ubuntu已经安装了conda 如何安装QIIME2

时间: 2024-05-09 07:19:34 浏览: 14
以下是在Windows虚拟机中安装QIIME2的步骤: 1. 打开Ubuntu终端窗口(或使用Anaconda Prompt),输入以下命令,更新系统: ``` sudo apt-get update ``` 2. 安装Miniconda,可以从官网下载适合自己系统的版本,这里以Linux 64位的版本为例: ``` wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 3. 安装Miniconda: ``` bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 4. 创建一个新的conda环境: ``` conda create -n qiime2-2020.8 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml ``` 此命令将下载一个YAML文件(包含有关QIIME2所需的所有依赖项和软件包的列表),并使用它创建名为“qiime2-2020.8”的新环境。 5. 激活QIIME2环境: ``` conda activate qiime2-2020.8 ``` 6. 安装QIIME2: ``` pip install https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-none-any.whl ``` 7. 验证QIIME2是否安装成功: ``` qiime --help ``` 如果一切顺利,应该可以看到QIIME2的帮助文档。 注意:在安装QIIME2之前,需要先安装Miniconda或Anaconda,因为QIIME2是基于conda构建的。

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