聚类分析:将所有的POSCAR结构进行聚类,以便发现相似的结构和C原子的分布规律。。具体代码

时间: 2024-03-17 16:42:44 浏览: 65
RAR

聚类分析代码.rar

聚类分析是机器学习中的一种无监督学习算法,可以将数据分成若干个类别,每个类别内部的数据相似度较高,不同类别之间的相似度较低。在材料科学中,聚类分析可以用于分析材料的结构,包括原子组成、晶体结构等等。以下是一个基于Python的聚类分析代码示例,可以用于分析POSCAR结构中C原子的分布规律: ```python import numpy as np from sklearn.cluster import KMeans # 读取POSCAR结构数据 data = np.loadtxt('POSCAR.txt', skiprows=8) X = data[:, 0:3] # 取前三列(表示原子的坐标) # 聚类分析 kmeans = KMeans(n_clusters=5, random_state=0).fit(X) # 聚成5类 labels = kmeans.labels_ # 每个样本所属的类别标签 # 输出每个类别中C原子的数量 for i in range(5): pos = np.where(labels == i)[0] c_num = np.count_nonzero(data[pos, 4] == 'C') # 判断第5列是否为C print('Class %d: %d C atoms' % (i, c_num)) ``` 上述代码中,`POSCAR.txt`是原始的POSCAR文件,其中第9行开始是原子坐标,每行前三列为x、y、z坐标,第4列为原子种类,第5列为原子的名称。代码中采用`KMeans`算法对所有原子进行聚类,将所有原子分成5类,并统计每个类别中C原子的数量。可以根据实际需求修改聚类的类别数、相似度的度量方法等参数。
阅读全文

相关推荐

Traceback (most recent call last): File "symmetry.py", line 17, in <module> centers = C_coords[np.random.choice(C_coords.shape[0], size=n_clusters, replace=False)] File "mtrand.pyx", line 903, in numpy.random.mtrand.RandomState.choice ValueError: a must be greater than 0 unless no samples are taken。import numpy as np from scipy.spatial.distance import cdist # 读取POSCAR文件 with open('69_POSCAR', 'r') as f: lines = f.readlines() # 提取晶格矢量和C原子坐标 lattice = np.array([list(map(float, lines[i].split())) for i in range(2, 5)]) coords = np.array([list(map(float, line.split())) for line in lines[8:]]) # 提取C原子的坐标 C_coords = coords[coords[:, 2] == 6][:, :3] # 初始化聚类中心 n_clusters = 3 centers = C_coords[np.random.choice(C_coords.shape[0], size=n_clusters, replace=False)] # 迭代聚类 max_iter = 100 for i in range(max_iter): # 计算每个C原子到聚类中心的距离 distances = cdist(C_coords, centers) # 分配聚类标签 labels = np.argmin(distances, axis=1) # 更新聚类中心 for j in range(n_clusters): centers[j] = np.mean(C_coords[labels == j], axis=0) # 输出聚类结果和聚类中心 print('C原子聚类结果:') for i in range(len(C_coords)): print('C{}: ({:.3f}, {:.3f}, {:.3f}),聚类标签:{}'.format( i+1, C_coords[i][0], C_coords[i][1], C_coords[i][2], labels[i]+1)) print('聚类中心:') for i in range(len(centers)): print('聚类{}中心:({:.3f}, {:.3f}, {:.3f})'.format(i+1, centers[i][0], centers[i][1], centers[i][2]))。修改代码。

最新推荐

recommend-type

python 代码实现k-means聚类分析的思路(不使用现成聚类库)

Python中的K-means聚类分析是一种无监督学习方法,用于将数据集中的对象分组成不同的类别,使得同一类别的对象间相似度较高,而不同类别间的相似度较低。本篇文章探讨的是如何不依赖现成的聚类库(如scikit-learn)...
recommend-type

Python——K-means聚类分析及其结果可视化

在数据分析和机器学习领域,K-Means是一种广泛使用的无监督学习算法,它主要用于执行聚类分析,即将数据集中的样本点自动分组到不同的类别中。K-Means算法的核心思想是通过迭代过程,不断调整样本点的所属类别,以...
recommend-type

Python用K-means聚类算法进行客户分群的实现

你的任务是通过聚类分析找出哪些类型的顾客可能具有相似的消费模式,以便营销团队可以针对这些群体制定更有针对性的营销策略。 为了实现这一目标,我们需要导入必要的Python库,如numpy、pandas、matplotlib、...
recommend-type

ArcGIS教程:生成特征文件、类和聚类分析

本文将深入探讨如何使用ArcGIS生成特征文件、创建类和进行聚类分析,以理解和应用这些概念。 首先,让我们了解“类”在GIS中的含义。类通常指的是具有共同属性或特征的地物集合,例如森林、居民区或水体。它们是...
recommend-type

Python实现简单层次聚类算法以及可视化

在描述中提到的"主要为大家详细介绍了Python实现简单层次聚类算法以及可视化",暗示了我们将探讨算法的基本原理、具体实现和如何通过可视化工具(如matplotlib等)展示聚类过程和结果。 层次聚类算法通常分为凝聚型...
recommend-type

SSM Java项目:StudentInfo 数据管理与可视化分析

资源摘要信息:"StudentInfo 2.zip文件是一个压缩包,包含了多种数据可视化和数据分析相关的文件和代码。根据描述,此压缩包中包含了实现人员信息管理系统的增删改查功能,以及生成饼图、柱状图、热词云图和进行Python情感分析的代码或脚本。项目使用了SSM框架,SSM是Spring、SpringMVC和MyBatis三个框架整合的简称,主要应用于Java语言开发的Web应用程序中。 ### 人员增删改查 人员增删改查是数据库操作中的基本功能,通常对应于CRUD(Create, Retrieve, Update, Delete)操作。具体到本项目中,这意味着实现了以下功能: - 增加(Create):可以向数据库中添加新的人员信息记录。 - 查询(Retrieve):可以检索数据库中的人员信息,可能包括基本的查找和复杂的条件搜索。 - 更新(Update):可以修改已存在的人员信息。 - 删除(Delete):可以从数据库中移除特定的人员信息。 实现这些功能通常需要编写相应的后端代码,比如使用Java语言编写服务接口,然后通过SSM框架与数据库进行交互。 ### 数据可视化 数据可视化部分包括了生成饼图、柱状图和热词云图的功能。这些图形工具可以直观地展示数据信息,帮助用户更好地理解和分析数据。具体来说: - 饼图:用于展示分类数据的比例关系,可以清晰地显示每类数据占总体数据的比例大小。 - 柱状图:用于比较不同类别的数值大小,适合用来展示时间序列数据或者不同组别之间的对比。 - 热词云图:通常用于文本数据中,通过字体大小表示关键词出现的频率,用以直观地展示文本中频繁出现的词汇。 这些图表的生成可能涉及到前端技术,如JavaScript图表库(例如ECharts、Highcharts等)配合后端数据处理实现。 ### Python情感分析 情感分析是自然语言处理(NLP)的一个重要应用,主要目的是判断文本的情感倾向,如正面、负面或中立。在这个项目中,Python情感分析可能涉及到以下几个步骤: - 文本数据的获取和预处理。 - 应用机器学习模型或深度学习模型对预处理后的文本进行分类。 - 输出情感分析的结果。 Python是实现情感分析的常用语言,因为有诸如NLTK、TextBlob、scikit-learn和TensorFlow等成熟的库和框架支持相关算法的实现。 ### IJ项目与readme文档 "IJ项目"可能是指IntelliJ IDEA项目,IntelliJ IDEA是Java开发者广泛使用的集成开发环境(IDE),支持SSM框架。readme文档通常包含项目的安装指南、运行步骤、功能描述、开发团队和联系方式等信息,是项目入门和理解项目结构的首要参考。 ### 总结 "StudentInfo 2.zip"是一个综合性的项目,涉及到后端开发、前端展示、数据分析及自然语言处理等多个技术领域。通过这个项目,可以学习到如何使用SSM框架进行Web应用开发、实现数据可视化和进行基于Python的情感分析。这对于想要掌握Java Web开发和数据处理能力的学习者来说是一个很好的实践机会。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

负载均衡技术深入解析:确保高可用性的网络服务策略

![负载均衡技术深入解析:确保高可用性的网络服务策略](https://media.geeksforgeeks.org/wp-content/uploads/20240130183502/Source-IP-hash--(1).webp) # 1. 负载均衡技术概述 ## 1.1 负载均衡技术的重要性 在现代信息技术不断发展的今天,互联网应用的规模和服务的复杂性日益增长。因此,为了确保高性能、高可用性和扩展性,负载均衡技术变得至关重要。它能够有效地分配和管理网络或应用程序的流量,使得服务器和网络资源得以最优利用。 ## 1.2 负载均衡技术的基本概念 负载均衡是一种网络流量管理技术,旨
recommend-type

怎么解决头文件重复包含

解决头文件重复包含的问题主要有以下几个策略: 1. **包含 guards**:在头文件开头添加一种特殊的标识符(通常是宏),如 `#ifndef` 和 `#define` 对组合,检查某个特定宏是否已经定义过。如果没有定义,则包含内容,然后设置该宏。如果在同一文件内再次包含,由于宏已经存在,就不会再执行包含的内容,从而避免重复。 ```cpp #ifndef HEADER_NAME_H_ #define HEADER_NAME_H_ // 内容... #endif // HEADER_NAME_H_ ``` 2. **使用 extern 关键字**:对于非静态变量和函数,可以将它们
recommend-type

pyedgar:Python库简化EDGAR数据交互与文档下载

资源摘要信息:"pyedgar:用于与EDGAR交互的Python库" 知识点说明: 1. pyedgar库概述: pyedgar是一个Python编程语言下的开源库,专门用于与美国证券交易委员会(SEC)的电子数据获取、访问和检索(EDGAR)系统进行交互。通过该库,用户可以方便地下载和处理EDGAR系统中公开提供的财务报告和公司文件。 2. EDGAR系统介绍: EDGAR系统是一个自动化系统,它收集、处理、验证和发布美国证券交易委员会(SEC)要求的公司和其他机构提交的各种文件。EDGAR数据库包含了美国上市公司的详细财务报告,包括季度和年度报告、委托声明和其他相关文件。 3. pyedgar库的主要功能: 该库通过提供两个主要接口:文件(.py)和索引,实现了对EDGAR数据的基本操作。文件接口允许用户通过特定的标识符来下载和交互EDGAR表单。索引接口可能提供了对EDGAR数据库索引的访问,以便快速定位和获取数据。 4. pyedgar库的使用示例: 在描述中给出了一个简单的使用pyedgar库的例子,展示了如何通过Filing类与EDGAR表单进行交互。首先需要从pyedgar模块中导入Filing类,然后创建一个Filing实例,其中第一个参数(20)可能代表了提交年份的最后两位,第二个参数是一个特定的提交号码。创建实例后,可以打印实例来查看EDGAR接口的返回对象,通过打印实例的属性如'type',可以获取文件的具体类型(例如10-K),这代表了公司提交的年度报告。 5. Python语言的应用: pyedgar库的开发和应用表明了Python语言在数据分析、数据获取和自动化处理方面的强大能力。Python的简洁语法和丰富的第三方库使得开发者能够快速构建工具以处理复杂的数据任务。 6. 压缩包子文件信息: 文件名称列表中的“pyedgar-master”表明该库可能以压缩包的形式提供源代码和相关文件。文件列表中的“master”通常指代主分支或主版本,在软件开发中,主分支通常包含了最新的代码和功能。 7. 编程实践建议: 在使用pyedgar库之前,建议先阅读官方文档,了解其详细的安装、配置和使用指南。此外,进行编程实践时,应当注意遵守SEC的使用条款,确保只下载和使用公开提供的数据。 8. EDGAR数据的应用场景: EDGAR数据广泛应用于金融分析、市场研究、合规性检查、学术研究等领域。通过编程访问EDGAR数据可以让用户快速获取到一手的财务和公司运营信息,从而做出更加明智的决策。 9. Python库的维护和更新: 随着EDGAR数据库内容的持续更新和变化,pyedgar库也应定期进行维护和更新,以保证与EDGAR系统的接口兼容性。开发者社区对于这类开源项目的支持和贡献也非常重要。 10. 注意事项: 在使用pyedgar库下载和处理数据时,用户应当确保遵守相应的法律法规,尤其是关于数据版权和隐私方面的规定。此外,用户在处理敏感数据时,还需要考虑数据安全和隐私保护的问题。