先初始化数组，然后用Scanner从文件中逐行读取数据并存入数组，数据是以逗号分隔的整数。根据所给的数据，对前100数据分别使用冒泡排序和Java的Qsort进行排序，并计时。

首先，让我们逐步完成这个任务：

1. **初始化数组**:
创建一个足够大的数组，用于存储从文件读取的整数。例如，如果你不确定文件中的数据大小，你可以创建一个固定大小的数组，如`int[] numbers = new int[100];`。

2. **读取文件**:
使用`java.util.Scanner`从文件中逐行读取数据。假设文件名为`data.txt`，你可以这样做：

import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.util.Scanner;

public void readDataFromFile(String fileName) {
    Scanner scanner = null;
    try {
        File file = new File(fileName);
        scanner = new Scanner(file);
        while (scanner.hasNextInt()) {
            numbers[scannedIndex++] = scanner.nextInt();
        }
    } catch (FileNotFoundException e) {
        System.out.println("File not found: " + fileName);
    } finally {
        if (scanner != null) {
            scanner.close();
        }
    }
}

这里的`scannedIndex`是你需要维护的一个变量，用来跟踪当前已经读取到数组的哪个位置。

3. **数据预处理（如果数据超过100）**:
如果文件中的数据超过100个，你需要决定如何截断或选择前100个。例如，你可以检查`scannedIndex`是否小于100再添加元素。

4. **冒泡排序**:
冒泡排序算法可以这样实现：

long startTime = System.nanoTime();
for (int i = 0; i < numbers.length - 1; i++) {
    for (int j = 0; j < numbers.length - 1 - i; j++) {
        if (numbers[j] > numbers[j + 1]) {
            // Swap elements
            int temp = numbers[j];
            numbers[j] = numbers[j + 1];
            numbers[j + 1] = temp;
        }
    }
}
long endTime = System.nanoTime();
System.out.println("Bubble sort time: " + (endTime - startTime) + " ns");

5. **Java内置快速排序**:
Java并没有直接提供快速排序的库，但我们可以使用第三方库如Google Guava的`SortedIntList`，或者自己实现。这里以自实现为例：

public class QuickSort {
    // 快速排序核心部分
    public static void quickSort(int[] array, int low, int high) {
        // ...
    }

    // 全局排序
    public static void mainSort(int[] array) {
        long startTime = System.nanoTime();
        quickSort(array, 0, numbers.length - 1);
        long endTime = System.nanoTime();
        System.out.println("Quicksort time: " + (endTime - startTime) + " ns");
    }
}

记得在`quickSort`方法里实现快速排序算法，这里省略了具体实现细节。

6. **计时**:
我们使用`System.nanoTime()`来获取开始和结束的时间戳，然后计算差值，单位通常是纳秒（ns）。

现在，你可以将这些步骤组合在一起，确保在每次运行时只处理前100个元素。别忘了在操作之前关闭`Scanner`，以释放资源。