Python完成层次聚类
时间: 2024-05-27 09:07:20 浏览: 190
Python可以使用scipy库中的hierarchy模块来完成层次聚类,具体步骤如下:
1. 首先需要定义距离矩阵或相似度矩阵,可以使用scipy库中的distance模块来计算距离或相似度。例如可以使用欧式距离或余弦相似度。
2. 调用hierarchy.linkage函数来进行层次聚类。linkage函数可以接受一个距离矩阵或相似度矩阵,并返回一个连接矩阵,其中每一行表示两个聚类之间的连接信息。
3. 调用hierarchy.dendrogram函数来绘制树形图。dendrogram函数可以接受连接矩阵,并绘制层次聚类的树形图。
以下是一个Python层次聚类的示例代码:
```python
import numpy as np
from scipy.spatial import distance
from scipy.cluster import hierarchy
import matplotlib.pyplot as plt
# 定义样本数据
X = np.array([[1, 2], [1, 4], [1, 0], [4, 2], [4, 4], [4, 0]])
# 计算距离矩阵
D = distance.pdist(X)
# 进行层次聚类
Z = hierarchy.linkage(D, method='single')
# 绘制树形图
plt.figure()
dn = hierarchy.dendrogram(Z)
plt.show()
```
相关问题
人脸识别系统python代码。聚类:完成人脸图像的聚类,通过把相似的人脸聚类到一起数据聚类任务,并应用所学的聚类模型(KMeans、层次聚类等)
人脸识别是目前热门的计算机视觉领域的研究方向之一,Python是一种常用的编程语言,有许多开源库和框架可以用于人脸识别系统的开发。下面介绍一下基于Python的人脸识别系统代码实现中的聚类部分:
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2. 聚类模型选择:常用的聚类算法有KMeans、层次聚类、DBSCAN等,可以根据数据集的特点和需求选择合适的算法进行聚类。
3. 参数调整:对于不同的聚类算法,需要调整不同的参数,如KMeans算法中需要调整聚类中心数目K,层次聚类中需要选择合适的距离度量方式和聚类合并方式等。
4. 聚类结果分析:通过可视化工具对聚类结果进行分析,比如使用matplotlib库将不同聚类结果可视化展示。
下面提供一个简单的代码实现示例:
```
import numpy as np
import cv2
from sklearn.cluster import KMeans
import matplotlib.pyplot as plt
# 加载人脸图像
img1 = cv2.imread('face1.jpg')
img2 = cv2.imread('face2.jpg')
img3 = cv2.imread('face3.jpg')
# 将图像转换为灰度图像
gray1 = cv2.cvtColor(img1, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
gray2 = cv2.cvtColor(img2, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
gray3 = cv2.cvtColor(img3, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
# 将图像转换为向量格式
vector1 = gray1.reshape(-1)
vector2 = gray2.reshape(-1)
vector3 = gray3.reshape(-1)
# 构建数据集
data = np.vstack((vector1, vector2, vector3))
# 聚类模型选择和参数调整
kmeans = KMeans(n_clusters=2)
# 对数据集进行聚类
labels = kmeans.fit_predict(data)
# 可视化分析
plt.scatter(data[:, 0], data[:, 1], c=labels)
plt.show()
```
利用python读入本地iris数据集完成层次聚类
好的,下面是Python代码实现层次聚类:
```python
import pandas as pd
import numpy as np
from scipy.cluster.hierarchy import linkage, dendrogram
import matplotlib.pyplot as plt
# 读取数据集
iris = pd.read_csv('iris.csv')
X = iris.iloc[:, :-1].values
# 对数据进行层次聚类
Z = linkage(X, method='ward', metric='euclidean')
# 绘制树状图
plt.figure(figsize=(10, 7))
plt.title('Dendrogram')
plt.xlabel('Samples')
plt.ylabel('Distance')
dendrogram(Z)
plt.show()
```
这里使用了`pandas`库读取数据集,`numpy`库处理数据,`scipy`库实现层次聚类,`matplotlib`库绘制树状图。其中,`linkage`函数实现层次聚类,`dendrogram`函数绘制树状图。
运行上述代码,就可以得到层次聚类的树状图。根据树状图,我们可以选择合适的聚类数目,并使用`scipy`库中的`fcluster`函数来实现聚类。
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