怎么查询PDB结构的Solvent Accessible (ACC) Surface

要查询PDB结构的Solvent Accessible Surface (ACC Surface)，可以使用一些生物信息学工具，比如PyMOL或者VMD。以下是使用PyMOL查询PDB结构的Solvent Accessible Surface的步骤：

1. 打开PyMOL软件，点击“File”菜单，选择“Open”打开PDB文件。

2. 在PyMOL窗口中，点击“Actions”菜单，选择“Surface” -> “Show Surface”，打开表面展示窗口。

3. 在表面展示窗口中，点击“Surface Quality”菜单，选择“Solvent Accessible Surface”，即可显示PDB结构的Solvent Accessible Surface。

4. 可以通过调整光线、颜色等参数，进一步定制表面展示效果。

需要注意的是，查询PDB结构的Solvent Accessible Surface需要先计算分子的溶剂可及表面积，这个计算可以通过第三方软件或者在线工具完成，比如MSMS、NACCESS、ASAView等。计算完成后，将结果导入PyMOL并进行表面展示即可。

相关问题

怎么查询PDB结构的Relative_accessible_surface_area

你可以使用PDB文件中的ATOM和HETATM信息计算相对可及表面积（Relative Accessible Surface Area，RASA）。有些生物信息学工具可以帮助您计算RASA，比如Naccess、Areaimol、MSMS等。这些工具可以将PDB文件中的原子坐标转化为分子表面网格，并计算每个原子的表面积，然后计算相对可及表面积。您也可以编写自己的程序来计算RASA。

PDB文件的三维结构比对

PDB文件的三维结构比对可以使用BioPython库中的Bio.PDB.Superimposer模块来实现。首先，需要从PDB文件中解析出两个蛋白质的结构，可以使用PDBParser()函数来完成。例如，使用parser.get_structure()函数可以得到两个structure类对象，分别表示两个蛋白质的结构\[1\]\[2\]。然后，可以使用Superimposer类来进行结构比对。Superimposer类提供了align()方法，可以将两个结构进行最佳匹配，并计算出最佳匹配的旋转和平移矩阵。最后，可以使用Superimposer类的rms属性来获取均方根偏差(RMSD)值，表示两个结构之间的结构差异\[2\]。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [蛋白质结构信息获取与解析（基于Biopython）](https://blog.csdn.net/weixin_60737527/article/details/126152198)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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