怎么查询PDB结构的Solvent Accessible (ACC) Surface
时间: 2024-04-05 17:30:59 浏览: 44
要查询PDB结构的Solvent Accessible Surface (ACC Surface),可以使用一些生物信息学工具,比如PyMOL或者VMD。以下是使用PyMOL查询PDB结构的Solvent Accessible Surface的步骤:
1. 打开PyMOL软件,点击“File”菜单,选择“Open”打开PDB文件。
2. 在PyMOL窗口中,点击“Actions”菜单,选择“Surface” -> “Show Surface”,打开表面展示窗口。
3. 在表面展示窗口中,点击“Surface Quality”菜单,选择“Solvent Accessible Surface”,即可显示PDB结构的Solvent Accessible Surface。
4. 可以通过调整光线、颜色等参数,进一步定制表面展示效果。
需要注意的是,查询PDB结构的Solvent Accessible Surface需要先计算分子的溶剂可及表面积,这个计算可以通过第三方软件或者在线工具完成,比如MSMS、NACCESS、ASAView等。计算完成后,将结果导入PyMOL并进行表面展示即可。
相关问题
怎么查询PDB结构的Relative_accessible_surface_area
你可以使用PDB文件中的ATOM和HETATM信息计算相对可及表面积(Relative Accessible Surface Area,RASA)。有些生物信息学工具可以帮助您计算RASA,比如Naccess、Areaimol、MSMS等。这些工具可以将PDB文件中的原子坐标转化为分子表面网格,并计算每个原子的表面积,然后计算相对可及表面积。您也可以编写自己的程序来计算RASA。