java中1）新建一个类，并设置相关变量 2）循环三个班级 3）再循环录入该班级的5名学生的序号和成绩，录入学号时判断长度，录入分值时 判断是否是负数 4）录入完一个班级后打印出该班级的平均分及及格人数 5）当全部录入完毕后计算平均分和及格人数并显示。

在Java中创建这样的程序，我们可以按照以下步骤进行：

1) 首先，我们需要新建一个`Student`类，包含姓名、学号（String）和成绩（double）等属性。例如：

public class Student {
    private String name;
    private String studentId;
    private double score;

    // 构造函数
    public Student(String name, String studentId, double score) {
        this.name = name;
        if (studentId != null && !studentId.isEmpty()) {
            this.studentId = studentId.trim();
        } else {
            throw new IllegalArgumentException("Invalid student ID");
        }
        if (score >= 0) {
            this.score = score;
        } else {
            throw new IllegalArgumentException("Score cannot be negative");
        }
    }

    // 获取方法和相关操作...
}

2) 接下来，可以创建一个`Class`类，用于存储学生列表和相关的统计信息：

public class ClassInfo {
    private List<Student> students;
    private int totalStudents;
    private int passingStudents;
    private double averageScore;

    // 初始化学生列表
    public ClassInfo() {
        students = new ArrayList<>();
    }

    // 添加学生到班级...
}

3) 现在我们可以编写一个主函数，通过循环处理三个班级的数据：

public static void main(String[] args) {
    for (int i = 1; i <= 3; i++) {
        ClassInfo classInfo = new ClassInfo();
        classInfo.addStudents(i);
        System.out.println("Class " + i + ":");
        // 打印平均分和及格人数
        calculateStatistics(classInfo);
        System.out.println(); // 换行
    }
}

private static void addStudents(ClassInfo classInfo, int className) {
    // 循环录入学生...
}

private static void calculateStatistics(ClassInfo classInfo) {
    double sum = 0;
    int passCount = 0;
    for (Student student : classInfo.students) {
        sum += student.getScore();
        passCount += (student.getScore() >= 60) ? 1 : 0;
    }
    classInfo.averageScore = sum / classInfo.totalStudents;
    classInfo.passingStudents = passCount;
}

4) 在`addStudents`方法里，我们创建并录入学生，检查输入的有效性。

5) 最后，当所有班级数据录入完毕，我们在`main`函数中计算整个课程的平均分和及格人数：

// 当录入全部班级后
calculateOverallStatistics(classInfo);
System.out.println("Overall Average Score: " + classInfo.averageScore);
System.out.println("Overall Passing Students: " + classInfo.passingStudents);

这个示例展示了如何在Java中完成上述要求的功能。请注意，在实际应用中，你需要进一步完善代码细节，如异常处理、用户输入验证等。