geom_signif: na.rm = FALSE, extend_line = 0, parse = FALSE, orientation = NA

这是 R 语言中 geom_signif 函数的参数说明：

- na.rm：逻辑值，是否忽略缺失值，默认为 FALSE。
- extend_line：数值型，用于指定标记线（significance line）的长度，默认为 0，即不显示标记线。
- parse：逻辑值，是否对标签进行解析，默认为 FALSE。
- orientation：字符型，用于指定标记线的方向，可选值为 "horizontal" 和 "vertical"，默认为 NA，即根据数据自动确定方向。

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p_boxplot_exp_mt.gene = boxplot(sample_exp_mt.gene) > p_boxplot_exp_mt.gene = p_boxplot_exp_mt.gene + + geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, outlier.shape = NA) + + xlab(NULL) + ylab("log2(CPM+1)") + + scale_color_manual(values = "black") + + stat_summary(fun = max, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) + + stat_summary(fun = min, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) + + theme(axis.line = element_line(color = "black", size = 0.25), + axis.ticks = element_line(color = "black", size = 0.25), + axis.text = element_text(color = "black", angle = 90, size = 18), + axis.title = element_text(color = "black", size = 18)) + + geom_text(data = sample_exp_mt.gene, aes(x = sample, y = median_expression, + label = paste0("Median: ", round(median_expression, 2))), + vjust = -1, hjust = -0.5, size = 4, color = "black")+ + theme(panel.background = element_blank()) Error in p_boxplot_exp_mt.gene + geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, : non-numeric argument to binary operator

看起来您的代码中有一些问题，主要是在 `p_boxplot_exp_mt.gene = boxplot(sample_exp_mt.gene)` 这行代码中，您将 `boxplot` 的输出结果赋值给了 `p_boxplot_exp_mt.gene` 变量。但是，在后面的代码中，您却又将 `p_boxplot_exp_mt.gene` 作为一个 `ggplot` 对象进行操作，这就导致了一个类型不匹配的错误。

建议您将 `boxplot` 的输出结果转换为一个数据框，再使用 `ggplot` 进行绘图，如下所示：

# 将 boxplot 的输出结果转换为数据框
df_boxplot <- as.data.frame(p_boxplot_exp_mt.gene)

# 使用 ggplot 绘制箱线图
ggplot(df_boxplot, aes(x = "", y = sample_exp_mt.gene)) +
  geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, outlier.shape = NA) +
  xlab(NULL) +
  ylab("log2(CPM+1)") +
  scale_color_manual(values = "black") +
  stat_summary(fun = max, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) +
  stat_summary(fun = min, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) +
  theme(axis.line = element_line(color = "black", size = 0.25),
        axis.ticks = element_line(color = "black", size = 0.25),
        axis.text = element_text(color = "black", angle = 90, size = 18),
        axis.title = element_text(color = "black", size = 18)) +
  geom_text(data = df_boxplot, aes(x = 1, y = median, 
                                   label = paste0("Median: ", round(median, 2))), 
            vjust = -1, hjust = -0.5, size = 4, color = "black") +
  theme(panel.background = element_blank())

这样可以避免 `p_boxplot_exp_mt.gene` 类型不匹配的错误。

geom_line(aes(group = School))

`geom_line(aes(group = School))`是R语言中的ggplot2包中一个常用的地理统计几何层（geometric layer），它用于绘制线图。在这个语法里：

- `geom_line()`指定了我们将使用线形图作为图形类型。
- `aes()`是对图形数据的映射，这里设置了两个变量：
- `x` 和 `y` 指定你要在线图上展示的数据坐标，通常对应数据框中的列名。
- `group = School` 表明你想要根据'School'这一列的值对数据进行分组，也就是说，对于每所学校的数据点，你会画出一条独立的线，这样可以清楚地区分各个学校的趋势。

举个例子，如果你有一个数据集，其中包含了各学校的学生成绩随时间的变化，你可以这样做：

df <- data.frame(School = c("A", "B", "A", "B", "A"), Time = 1:5, Score = seq(50, 60, by = 5))
ggplot(df, aes(x = Time, y = Score, group = School)) +
  geom_line() +
  labs(x = "时间", y = "分数", title = "学校间学生成绩走势")

这将为每个学校绘制一条线，使得不同学校的趋势一目了然。