geom_signif: na.rm = FALSE, extend_line = 0, parse = FALSE, orientation = NA

这是 R 语言中 geom_signif 函数的参数说明：

- na.rm：逻辑值，是否忽略缺失值，默认为 FALSE。
- extend_line：数值型，用于指定标记线（significance line）的长度，默认为 0，即不显示标记线。
- parse：逻辑值，是否对标签进行解析，默认为 FALSE。
- orientation：字符型，用于指定标记线的方向，可选值为 "horizontal" 和 "vertical"，默认为 NA，即根据数据自动确定方向。

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p_boxplot_exp_mt.gene = boxplot(sample_exp_mt.gene) > p_boxplot_exp_mt.gene = p_boxplot_exp_mt.gene + + geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, outlier.shape = NA) + + xlab(NULL) + ylab("log2(CPM+1)") + + scale_color_manual(values = "black") + + stat_summary(fun = max, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) + + stat_summary(fun = min, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) + + theme(axis.line = element_line(color = "black", size = 0.25), + axis.ticks = element_line(color = "black", size = 0.25), + axis.text = element_text(color = "black", angle = 90, size = 18), + axis.title = element_text(color = "black", size = 18)) + + geom_text(data = sample_exp_mt.gene, aes(x = sample, y = median_expression, + label = paste0("Median: ", round(median_expression, 2))), + vjust = -1, hjust = -0.5, size = 4, color = "black")+ + theme(panel.background = element_blank()) Error in p_boxplot_exp_mt.gene + geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, : non-numeric argument to binary operator

看起来您的代码中有一些问题，主要是在 `p_boxplot_exp_mt.gene = boxplot(sample_exp_mt.gene)` 这行代码中，您将 `boxplot` 的输出结果赋值给了 `p_boxplot_exp_mt.gene` 变量。但是，在后面的代码中，您却又将 `p_boxplot_exp_mt.gene` 作为一个 `ggplot` 对象进行操作，这就导致了一个类型不匹配的错误。

建议您将 `boxplot` 的输出结果转换为一个数据框，再使用 `ggplot` 进行绘图，如下所示：

# 将 boxplot 的输出结果转换为数据框
df_boxplot <- as.data.frame(p_boxplot_exp_mt.gene)

# 使用 ggplot 绘制箱线图
ggplot(df_boxplot, aes(x = "", y = sample_exp_mt.gene)) +
  geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, outlier.shape = NA) +
  xlab(NULL) +
  ylab("log2(CPM+1)") +
  scale_color_manual(values = "black") +
  stat_summary(fun = max, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) +
  stat_summary(fun = min, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) +
  theme(axis.line = element_line(color = "black", size = 0.25),
        axis.ticks = element_line(color = "black", size = 0.25),
        axis.text = element_text(color = "black", angle = 90, size = 18),
        axis.title = element_text(color = "black", size = 18)) +
  geom_text(data = df_boxplot, aes(x = 1, y = median, 
                                   label = paste0("Median: ", round(median, 2))), 
            vjust = -1, hjust = -0.5, size = 4, color = "black") +
  theme(panel.background = element_blank())

这样可以避免 `p_boxplot_exp_mt.gene` 类型不匹配的错误。

ggplot(mydata,aes(x=Var1,y=Var2))+ + geom_point(aes(size=AbsValue,fill=value),shape=21,colour=black)+ + scale_fill_gradientn(colours = c(brewer.pal(7,"Set1")[2],"white",brewer.pal(7,"Set1")[1]),na.value = NA)+ + scale_size_area(max_size = 12,guide=FALSE) 错误: 找不到对象'black'

这段代码中的问题在于第一行和第二行之间多了一个加号。应该将这个加号去掉，修改后的代码如下：

ggplot(mydata,aes(x=Var1,y=Var2)) + 
  geom_point(aes(size=AbsValue,fill=value),shape=21,colour="black") + 
  scale_fill_gradientn(colours = c(brewer.pal(7,"Set1")[2],"white",brewer.pal(7,"Set1")[1]),na.value = NA) + 
  scale_size_area(max_size = 12,guide=FALSE)

这样就可以正常运行了。在第二行中，将 `colour` 参数的取值改为 `"black"` 即可。