写一个严谨的python脚本,不使用外部模块提取文件中第三列为mRNA的行
时间: 2024-03-17 15:44:51 浏览: 63
好的,以下是一个严谨的Python脚本,可以提取文件中第三列为mRNA的行:
```python
with open("filename.txt", "r") as file:
for line in file:
columns = line.strip().split("\t")
if len(columns) >= 3 and columns[2] == "mRNA":
print(line.strip())
```
请将"filename.txt"替换为你想要提取的文件名。该脚本将逐行读取文件,并将每行拆分为一个列列表。然后,它检查列表是否具有至少三列,并且第三列是否为“mRNA”。如果是这样,它将打印该行(剥离换行符)。
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写一个严谨的python脚本,不使用外部模块提取输入文件中第三列为mRNA的行
好的,以下是一个严谨的Python脚本,可以从输入文件中提取第三列为mRNA的行:
```python
import sys
input_file = sys.argv[1]
with open(input_file, "r") as file:
for line in file:
columns = line.strip().split("\t")
if len(columns) >= 3 and columns[2] == "mRNA":
print(line.strip())
```
请在命令行中运行脚本,并将输入文件名作为参数传递给脚本,例如:
```
python script.py input_file.txt
```
该脚本首先从命令行参数中获取输入文件名。然后,它逐行读取输入文件,并将每行拆分为一个列列表。然后,它检查列表是否具有至少三列,并且第三列是否为“mRNA”。如果是这样,它将打印该行(剥离换行符)。
写一个严谨的python脚本,不使用外部模块提取输入fa文件中第三列为mRNA的行并写入一个新的fa文件中
好的,以下是一个严谨的Python脚本,可以从输入fa文件中提取第三列为mRNA的行,并将其写入一个新的fa文件:
```python
import sys
input_file = sys.argv[1]
output_file = sys.argv[2]
with open(input_file, "r") as input, open(output_file, "w") as output:
line_count = 0
for line in input:
line_count += 1
if line_count % 2 == 0: # skip even-numbered lines (sequence lines)
continue
columns = line.strip().split("\t")
if len(columns) >= 3 and columns[2] == "mRNA":
output.write(line) # write both the header and sequence lines
output.write(next(input)) # write the next line (sequence line)
```
请在命令行中运行脚本,并将输入fa文件名和输出fa文件名作为参数传递给脚本,例如:
```
python script.py input.fa output.fa
```
该脚本首先从命令行参数中获取输入文件名和输出文件名。然后,它逐行读取输入文件,并将每行分为标题和序列行。标题行包含第三列,因此如果该列为“mRNA”,则将该行写入输出文件(同时写入标题行和下一个序列行)。否则,跳过该行并继续读取下一行。最后,输出文件将包含第三列为“mRNA”的标题和序列行。
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