怎么绘制cd40的log-log图，模型是model1 <- coxph(Surv(days, cens) ~ factor(arms) + cd40 + age + wtkg + homo + race + gender, data = data)

要绘制 cd40 变量的 log-log 图，可以按照以下步骤进行操作：

1. 使用 `resid` 函数获取 Cox 模型的残差：

resid1 <- resid(model1, type = "scaledsch")

2. 使用 `ggplot2` 包绘制 log-log 图：

library(ggplot2)

ggplot(data.frame(x = model1$time, y = resid1), aes(x = log(model1$time), y = log(-log(resid1)))) +
  geom_point() +
  xlab("log(Time)") +
  ylab("log(-log(Survival Probability))") +
  ggtitle("Log-Log Plot of CD40")

其中，`model1$time` 表示 Cox 模型中的时间变量，`resid1` 表示 Cox 模型的残差，`log(-log(resid1))` 表示 Cox 模型的 log(-log) 残差。在图中，横轴为 log(Time)，纵轴为 log(-log(Survival Probability))，每个点表示一个观测值的残差。

相关问题

生存分析怎么用R语言绘制cd40的log-log图，模型是model1 <- coxph(Surv(days, cens) ~ factor(arms) + cd40 + age + wtkg + homo + race + gender, data = data)

要绘制cd40的log-log图，你需要首先计算模型的残差。可以使用survfit()函数来计算模型的残差，然后使用plot()函数绘制log-log图。

下面是一个简单的例子：

# 计算模型的残差
residuals <- residuals(model1, type="deviance")

# 计算生存概率
surv_prob <- survfit(Surv(days, cens) ~ residuals)

# 绘制log-log图
plot(surv_prob, log="xy", xlab="Time", ylab="-log(Survival Probability)", main="CD40 Survival Probability")

在上面的例子中，我们首先使用residuals()函数计算模型的残差。然后，我们使用survfit()函数计算基于残差的生存概率。最后，我们使用plot()函数绘制log-log图，并且将x轴和y轴的刻度都转换为对数刻度。xlab和ylab参数用来添加x轴和y轴的标签，main参数用来添加图标题。

希望对你有所帮助！

model1 <- coxph(Surv(days, cens) ~ factor(arms) + cd40 + age + wtkg + homo + race + gender, data = data)这是我的模型，我需要绘制log-log图以检验age的PH假设

要绘制log-log图以检验age的PH假设，可以先在R中安装和加载survival包。然后使用survfit函数在已拟合的Cox模型上计算Kaplan-Meier曲线，并使用survdiff函数进行对数-对数图检验。

下面是绘制log-log图的代码示例：

library(survival)

# 计算Kaplan-Meier曲线
fit <- survfit(model1)
# 绘制对数-对数图
plot(log(-log(fit$surv)), log(fit$n.risk), type="l", xlab="log(-log(survival))", ylab="log(n.risk)", main="Log-Log plot for PH assumption")
# 添加水平参考线
abline(h=log(model1$nevent/10), col="red")

在图中，红色的水平参考线表示事件数的10分之1，可以根据实际情况进行修改。如果age符合PH假设，那么对数-对数图应该显示为一条水平的直线。如果它是一个倾斜的曲线，那么就意味着age可能不符合PH假设。