awk 'NR%4==2{print length}'
时间: 2024-04-12 15:26:51 浏览: 16
这段`awk`命令用于从输入中提取每个第2行的长度。在这里,`NR%4==2`条件表示只对每个第2行执行操作。`print length`表示输出当前行的长度。
例如,如果输入如下所示:
```
@seq1
ACGT
+
abcd
@seq2
ATCG
+
efgh
```
那么这个命令将输出:
```
4
4
```
它提取了第2行的长度:4和4。如果您有其他问题,请随时提问!
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tlr_temp=`ls 2_sequences/demux_no_primer_${libname}_qza/*_R2_* | xargs -i zcat {} | awk 'NR%4==2{print length}' | sort -n| uniq -c |awk '{print $2"\t"$1}' | awk -F '\t' '{a[NR]=$1;d[$1]=$2;b+=$2}END{for(i=1;i<=NR;i++){c+=d[a[i]];if(c/b>0.02)print a[i]}}' |head -n 1 `
这段代码是用于处理DNA测序数据的。首先,它使用`ls`命令获取文件夹`2_sequences/demux_no_primer_${libname}_qza/`中所有以`_R2_`结尾的文件的路径。然后,使用`xargs`命令将这些文件路径传递给`zcat`命令,并解压缩这些文件。接下来,使用`awk`命令来处理解压缩后的文件,首先筛选出每个序列的长度(第2行),然后按长度进行排序和去重,并统计每个长度出现的次数。接着,使用`awk`命令再次处理数据,将长度和出现次数以制表符分隔的形式输出。最后,使用`awk`命令计算累积频率,并找到第一个累积频率超过总频率2%的长度,并打印输出。
请注意,我只是解释了代码的功能,并不会真正执行代码。如果您还有其他问题,请随时提问!
怎么把fasta文件拆分成1,2端,具体代码操作是什么样的,bash脚本一句话解决,不要复杂的
可以使用以下的一行bash命令将fasta文件拆分成1,2端:
```
awk '{if(NR%2==0)print substr($0,1,length($0)/2) > "output1.fasta"; else print $0 > "output1.fasta"}' input.fasta && awk '{if(NR%2==0)print substr($0,length($0)/2+1) > "output2.fasta"; else print $0 > "output2.fasta"}' input.fasta
```
其中,`input.fasta`为输入的fasta文件名,`output1.fasta`和`output2.fasta`为输出的1,2端文件名。该命令会将输入的fasta文件拆分成1,2端分别写入两个输出文件中。
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